深刻な人手不足が叫ばれる日本の救急医療。過重労働を強いられ、医師1人あたりの時間外労働時間は膨らむ一方。特に夜の救急医療の現場では、経験豊富な医師は少なく、専門外の治療はできないなどの事情もある。しかし、そんな状況とは関係なく、ひっきりなしに運ばれてくる夜間の重症患者。こんな状況では、患者の命を奪う医療ミスも起きかねない。
そんな崩壊寸前の救急医療を立て直すべく、「柏桜会グループ」の分院・「柏桜会あさひ海浜病院」では、試験的に大規模な勤務体系の改革が実施されようとしていた。それは、医者の当直を全面廃止しながらも、“24時間365日どんな患者も受け入れる”体制はそのままに、“夜間勤務だけを専門に行う救急医チーム”「ナイト・ドクター」を新設することだった。
「ナイト・ドクター」結成のために集められた朝倉美月(波瑠)、成瀬暁人(田中圭)、深澤新(岸優太)、桜庭瞬(北村匠海)、高岡幸保(岡崎紗絵)の5人の救急医たち。年齢も性格も価値観も、なにもかもが全く異なる医師たちが“どんな患者も断らない”をモットーに「ナイト・ドクター」として働き始める。
そんなくせ者ぞろいの「ナイト・ドクター」をまとめる指導医は、ニューヨークで夜間勤務専門の救急医をしていた本郷亨(沢村一樹)。並外れた技術を持つ本郷は、指導医として申し分ない存在と思われたが、半ば強引に日本へと呼び戻された本郷は、美月らに厳しく当たり、昼間に働く日勤の医師とも対立。「ナイト・ドクター」はいきなり存続の危機に陥る。
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