物流倉庫地区にあるコンビニエンスストアに強盗が押し入り、学生アルバイトを刺して逃げる事件が起きた。警視庁強盗犯捜査担当刑事・三田園智史(萩原聖人)は、警察犬の出動を要請。到着したのは、警察犬訓練士である三田園の妹・美穂(藤本泉)とその相棒・バブだった。美穂は遺留品の匂いをバブに記憶させると、犯人の足取りをたどっていった。
ほどなくして、バブが不審なワンボックスカーを発見し、吠え立てた。三田園が運転席のドアをノックすると、車窓から銃口が突き出され、突如、閃光と共に機関銃の轟音が響いた。被弾した美穂は、殉職。三田園や制服警官たちだけでなく、バブも重傷を負った。
それから9カ月――銃撃犯もコンビニ強盗も未だ容疑者すら浮かんでいなかったが、三田園は数度の手術とリハビリを乗り越えて、なんとか復帰。“強盗犯捜査担当”から“特命捜査対策室”に異動し、キャリア女性警視の花村沙織(本仮屋ユイカ)の下、自分たちが襲撃に遭うきっかけとなったコンビニ強盗傷害事件を追いはじめた。三田園はあの夜の銃撃事件とコンビニ強盗傷害事件には何らかの接点があると考えていたが、大学時代の先輩でもある組織犯罪対策部四課刑事・韮澤(加藤雅也)には「偶然にすぎない」と一蹴されてしまう。
一方、バブは傷は癒えたものの、美穂を守ることができなかったトラウマから心を閉ざし、警察犬としては働くことができなくなっていた。自らと同じく深いダメージを負ったバブを、三田園は実家に引き取ることに…。
やがて、三田園は執念の捜査で、コンビニ強盗犯・鯖江源太(ジェントル)をつかまえる。鯖江はあの夜、逃走の末、倉庫脇にある大型のゴミ箱に隠れていたところ、銃声を聞いたと自供。その直後、数人の男たちがワンボックスカーに乗り込んで逃げるところを目撃したと話す。
鯖江の自供を受けて特捜本部が銃撃事件現場前の倉庫を調べた結果、ブラック企業グループとのつながりが判明。倉庫内から大量の覚醒剤が発見され、あの夜、覚醒剤の大口取引が行われていた事実が発覚し、銃撃犯と思しき男も浮上する。
だが、その男の写真を見た三田園は強い違和感を覚え、「犯人はほかにいる！」と直感。沙織の許可を得て独自捜査を開始するが、その後、事件の関係者が次々と不可解な死を遂げていき…!?
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