時は戦国時代。イエズス会のアジア布教の巡察使バリニャーノが長崎にやって来る。ザビエルがキリスト教を伝来して以来、九州を中心に信者を増やしてきたイエズス会。バリニャーノは、布教を一気に進めるためにある秘策を思いつく。
それは、日本各地に神学校セミナリオを作り、そこで学んだ優秀な少年たちをバチカンに連れて行きローマ法王に謁見させる。聖書に記された物語、イエス誕生の時に東方より贈り物を持って駆けつけた3人の賢者=MAGIの伝説を現実とする事で、バチカンから多額の資金援助を引き出し、日本をキリスト教国にするというものだった。
そこで選ばれた4人の少年たち。教会に拾われ下人として働いていた伊東マンショ、気弱だが心優しいジュリアン、セミナリオ一の秀才マルティノ、領主の次男坊、武士の子ミゲル。4人の少年たちは、織田信長に謁見し、「旅に出よ。海の向こう、見知らぬ国に行って参れ」という命を受け、長崎を旅立つ。
旅には反バリニャーノ派のメスキータ神父、日本人とポルトガル人の混血の下働きドラードが加わり、5人はヨーロッパへと向かう。見知らぬ外国での幾度もの苦難を乗り越え、果たして彼らは無事にローマ法王に謁見することができるのか? 彼らが求める疑問「イエスの愛とは何か。自分を信じて真っ直ぐに生きるとはどういうことか。」に答えはあるのか?
さらに、8年の月日を費やした旅の果てに彼らを待ち受けていたものは、あまりにも過酷な運命だった――。
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