光を放ちながら、地球の隅々から集う海の生物たち。巨大なザトウクジラは“ソング”を奏でながら海底へと消えていく。“本番”に向けて、海の全てが移動を始めた。
自分の気持ちを言葉にするのが苦手な中学生の琉花は、夏休み初日に部活でチームメートと問題を起こしてしまう。母親と距離を置いていた彼女は、長い夏の間、学校でも家でも自らの居場所を失うことに。
そんな琉花が、父が働いている水族館へと足を運び、両親との思い出の詰まった大水槽に佇んでいた時、目の前で魚たちと一緒に泳ぐ不思議な少年・海とその兄・空と出会う。
琉花の父は、「彼らは、ジュゴンに育てられたんだ」と告げる。
明るく純真無垢(むく)な海と、何もかも見透かしたような怖さを秘めた空。琉花は彼らに導かれるように、それまで見たことのなかった不思議な世界に触れていく。
3人の出会いをきっかけに、地球上ではさまざまな現象が起こり始める。夜空から光り輝く流星が海へと堕ちた後、海の全ての生き物たちが日本へ移動を始めた。
そして、巨大なザトウクジラまでもが現れ、“ソング”とともに海の生き物たちに「祭りの“本番”が近い」ことを伝え始める。
海と空が超常現象と関係していると知り、彼らを利用しようとする者。そんな2人を守る海洋学者のジムやアングラード。それぞれの思惑が交錯する人間たちは、生命の謎を解き明かすことができるのか…。
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