日本国民のあらゆる個人情報や全国の監視カメラの映像などが集約されたビッグデータを解析し、AIが統計学的に割り出した“未来の犯罪者”を、潜入・追跡捜査して犯罪を未然に防ぐ未然犯罪捜査対策準備室・通称「ミハン」。この特命班のリーダーを務める井沢範人(沢村一樹)は、元公安のエリート刑事だが、ミハンシステムによるテストケース「0号」のえん罪事件が原因で、妻と娘を無残に殺された過去を持つ。普段は物腰も柔らかく、ひょうひょうとしていてつかみどころがない井沢だったが、その裏側には刑事としての一線を超えてしまいそうな凶暴性も内包しており、警察上層部からも危険視されていた。
井沢は、ミハンが割り出した麻薬組織同士の争いを抑止するため、メンバーの山内徹(横山裕)や小田切唯(本田翼)らとともに東京と香港を結ぶクルーズ船に潜入。新たに加わった伝説のハッカー・加賀美聡介(柄本明)の支援もあり、事前に犯行を防ぐことに成功する。
別の日、井沢は、山内や小田切、新メンバーのキャリア・吉岡拓海(森本悠希)と共に、ミハンの新たな拠点となる施設に集まる。そこは、移転が決まっている公営卸売市場の地下だ。そこで井沢たちを待っていたのは、ふたりの法務省官僚――北見俊哉(上杉柊平)と、自らミハンの統括責任者を志願した香坂朱里(水野美紀)だった。
香坂は、皆の前で井沢の過去とその危険性に言及し、改めて人員の見直しをするとしながらも、さっそく捜査の指示を出す。それは、ミハンが同時に二人の危険人物を探知するという、初めてのケースだった。井沢たちは、その危険人物たち――弁護士の田代智之と、刑務所から出所したばかりの風俗店店員・藤村尚也を探るが、二人の間に接点はなく……。
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