由利麟太郎(吉川晃司)は、元捜査一課長の経歴を持つ名探偵。ある事件をきっかけに退職し現在、学生時代を過ごした京都に住まいを移し、骨董(こっとう)品店を営む波田聡美(どんぐり)が家主の部屋を拠点にしている。
また、由利を慕うミステリー作家志望の三津木俊助(志尊淳)を助手に、犯罪心理学者として活躍。その一方で、警察からの依頼を受け、事件の捜査を手伝っている。そんな由利の元に、ある日“花髑髏”と名乗る人物から殺人予告のメールが届く。
指定された場所へ向かった由利は、そこで血が滴る冷凍庫を発見。中には、遺伝子研究者として知られる日下瑛造(中村育二)の養女・日下瑠璃子(新川優愛)が全身を縛られ、血を流した状態で閉じ込められていた。瑠璃子にまだ息があることを確認した由利は、救急車を呼び、冷凍庫の持ち主である日下の屋敷へと急ぐ。
由利の旧友でもある京都府警の等々力警部(田辺誠一)と合流し、俊助が人影を見たという2階へ駆け上がると、瑛造の息子・瑛一(長田成哉)の部屋と思われる一室で、致死量に達するほどの大量の血が付着したダウンコートを発見。さらに研究室では、日下が胸に短刀を突き立てられ、無残な姿で見つかる。由利は、遺体の傍らに不気味に置かれた、血で真っ赤に染まった頭蓋骨が気になっていた。
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