ドラマ「ドクターX~外科医・大門未知子~」シリーズのスピンオフドラマ「ドクターY~外科医・加地秀樹~」の最新作が、2020年秋に2時間スペシャルとして放送されることが決定した。「ドクターY―」は、勝村政信演じる、“腹腔鏡の魔術師”と呼ばれるほど確かな腕を持つものの、金にはどこまでも汚い外科医・加地秀樹を主人公に据えた作品。
第5弾となる今回は、東帝大学病院を追われた後、名門・成鏡大学病院に客員准教授として招かれていた加地のドラマが描かれる。また、内田有紀演じるフリーランス麻酔科医・城之内博美が「ドクターY―」に初登場する。
NBA入りが確実視されるバスケットボール界の若きスーパースター・大根類の手術をサポートするため成鏡大学病院に呼ばれた博美は、そこで加地と再会。大根の手術を執刀させてもらえず腐る加地を尻目に、次期教授の有力候補でもある主任准教授・那須浩一とともに大根の手術に取り組むことに。
同じ頃、博美の娘でイギリスにバレエ留学中だった舞(藤井杏奈)が一時帰国。思春期を迎えた舞とのギクシャクした関係にも、母親として悩む博美。
一方の加地は、もうひとりのVIP患者である日本スポーツ連合会長・尾蔵大介に取り入り、なんとか東帝大復帰への足がかりを作ろうと画策する。そんな中、大根の手術中に緊急事態が発生。その原因が博美のミスによるものだと主張され、博美は窮地に立たされる。
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