ポケットモンスター XY

クノエシティを訪れたサトシらは、ジムに直行。ジムリーダーのマーシュに挑もうとするが、マーシュは本業のファッションデザイナーの仕事を理由にジム戦を断る。サトシはいったんは気落ちしたものの、街でショータというトレーナーと出会いバトルすることに。しかしそこで、セレナとユリーカが居ないことに気付く。

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森で迷子になったサトシたちは、お化けが出るとうわさの“こわいイエ”にたどり着く。そこへ、この家の住人だという老人・コールが現れ、一行に家に寄っていかないかと提案してくる。雨が降りはじめたこともあり、一行は好意を受けることにするが、中に入ると怪奇現象が続発し、仲間たちが消えてしまう。

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サトシらはロケット団とのバトル中、突然現れたゴロンダに襲われ、全員がバラバラの場所に飛ばされてしまう。その後ユリーカはある場所でわれに返るが、なぜかニャースと植物のつるでつながった状態だった。そこで二人は、それぞれの仲間に合流するため仕方なく一緒に行動するが、道中でいざこざが続発する。

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サトシは、ヌメルゴンの故郷の湿地帯でポケモンたちが対立する姿を目撃する。心を痛めつつも、人間がポケモン同士の関係に介入していいのかと思い悩む。さらにその夜、サトシらの前にポケモン同士の対立を呼び起こしたフラージェス率いる一団が突如出現。フラージェスは、ピカチュウらを連れ去ってしまう。

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サトシらは旅の途中、ある湿地帯に立ち寄る。湿地帯がヌメルゴンの故郷であることを知ったサトシはヌメルゴンを呼び出し、かつての仲間と再会させる。しかし次第にヌメルゴンがおかしな様子を見せ始め、サトシらが不思議がっていると、突然湿地帯を支配するフラージェスの軍団が出現。戦いに巻き込まれる。

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サトシらは道中、プラターヌ博士の研究所へ立ち寄ることに。一行は研究所で、博士が研究していたメガストーンにガブリアスナイトが眠っていることを知らされ盛り上がる。しかし、ロケット団がキーストーンやガブリアスを強奪。サトシらは追うが、ロケット団はガブリアスをメガシンカさせて迎え撃とうとする。

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サトシは、シトロンがジムリーダーを務めるミアレジム戦を迎える。一緒に旅を続けてきたシトロンとのバトルに、約束を果たそうと気合いが入る。手持ちポケモンや、よく使う技など、互いの特徴をよく知る２人は、かつてないほどの激しいバトルを繰り広げる。そんな戦いの中、あるポケモンが勝敗を決める。

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ロケット団の騒動を解決したサトシらは、ミアレシティを再訪。シトロン＆シトロイドとのジム戦に臨むためジムへ向かうが、道中にシトロイドへの逮捕状が出ていることが分かる。その原因がシトロイドそっくりのロボットが悪行を働いていることだと知ったサトシは、偽物を捜して無実を証明しようと意気込む。

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サトシらは、ミアレシティに向かう道の途中でティエルノと再会する。やがてサトシとティエルノはジム戦に向けた特訓を始めるが、ロケット団が現れてポケモンを連れ去っていく。その後、ロケット団とのバトルに勝利しなんとかポケモンを取り戻すものの、バトルの影響で火災が発生。その場が大混乱に陥ってしまう。

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メガシンカを極めたアランは、依然として最強を目指す旅を続けていた。その道中、ダイゴらと伝説の巨石の行方を調べることに。海上にグラードンが現れたことを知った一行は、手掛かりを探して現場に急行する。するとカイオーガとレックウザも姿を現し、伝説のポケモン3体の激突を目の当たりにする。（変更あり）

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セレナは次のトライポカロンに向けて特訓を始めるが、練習が上手く行かずにポケモンたちに八つ当たりする。その後、頭を冷やすため一人で行動することにしたセレナに、エレーナと名乗る女性が声を掛ける。仲良くなった2人は行動を共にするが、セレナはエレーナを以前にどこかで見掛けたことがあることに気づく。

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ムサシとソーナンスは、サトシらとのバトルがきっかけでコジロウやニャースと離れ離れに。その後コジロウらを捜すムサシはひょんなことから川に落ちるが、通り掛かった医者のホワイトに助けられる。するとムサシは、ホワイトに一目ぼれ。またソーナンスも、ホワイトが連れているソーナンスと仲良くなっていく。

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サトシらが旅の途中にカロス発電所の近くを通り掛かると、突然ピカチュウの体に謎の異変が発生する。サトシらが理由を探ると、ロケット団が発電所を占領し、でんきタイプのポケモンを操っていたことが原因だと判明。早速サトシらがポケモンを助けに行こうとした時、シトロンが突然ある悩みを打ち明ける。

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ある日、荒野を歩いていたサトシらは、傷ついたバネブーを発見する。バネブーがブーピッグにいじめられていたことを知り助けようとするが、黒幕であるロケット団の策略にはまり一同はおりに閉じ込められる。その後、デデンネらが脱出し、ブーピッグに立ち向かおうとした時、ヌメラの姿に変化が起こる。

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セレナは、ポケモンパフォーマーとしての能力を競うイベント「トライポカロン」に初めて出場することに。憧れの舞台を前に、セレナは緊張を隠せない様子を見せるが、盟友のサナとお互いを激励し合うことでやる気をみなぎらせる。その後「トライポカロン」が開幕し、サナやムサシがセレナの前に立ちはだかる。

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ヒヨクシティで年に一度のお祭りが開催されることに。期間中に“誓いの樹”の下でポケモンにプレゼントを贈ると、お互いの絆が深まるという言い伝えを聞いたセレナは、ピカチュウらに内緒でサトシとプレゼントを買いに出掛ける。しかしセレナは二人きりの外出であることを意識して、買い物に身が入らなくなる。

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サトシはくさタイプのポケモンを操るヒヨクシティのジムリーダー・フクジにバトルを挑む。フクジの操るゴーゴートたちに多様な技で追い詰められたサトシは、対抗してゲコガシラを繰り出す。みずタイプのゲコガシラはくさタイプに相性が悪く、戦いはサトシの不利になると思われたが、サトシはある作戦を決行する。

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ヒヨクシティを訪れたサトシらは、“しんせつポケモン”のバニプッチが迷子になり、ポケモンセンターで保護されていることを知る。そこでサトシらはポケモンセンターに向かうが、ロケット団が現れバニプッチを強奪。サトシらがロケット団の後を追おうとした時、バニプッチの力でいきなり大雪が降り始める。

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旅の途中で池を見つけたサトシらは、休憩も兼ねてポケモンたちに水浴びをさせる。しかしその池はロケット団が仕掛けた偽の池ということが分かり、池にはまったポケモンたちはどこかに消えてしまう。その後、サトシらは何とかポケモンたちを捜し出していくが、最後に残ったヌメラがロケット団に連れ去られる。

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ヒヨクシティを目指すサトシらは、旅の途中で、ポケモンの種類の中でも一番弱いヌメラに出会う。サトシらは弱っているヌメラを助けてあげるが、その光景を見たロケット団たちは、スキを見てピカチュウとヌメラをさらってしまう。なんとかロケット団の手から逃げ出そうと、ピカチュウとヌメラは力を合わせる。

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