名探偵コナン

小五郎の講演会で、俳優の猪越が何者かに殺害された。小五郎は元支配人の冷泉が犯人と推理する。だが冷泉は、全く別のオーナーの順子を殺害した事件の自供をする。コナンと灰原は、猪越と順子の殺害現場を調べ、2枚の紙片を発見する。二人はその紙片が何かのメッセージと確信する。

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コナンらは、大ホールで行われる小五郎の講演に付き添う。講演２０分前、小五郎が楽屋で寝ていると、突然悲鳴が聞こえてくる。コナンらが悲鳴の聞こえた方に駆け付けると、イベントに出演する予定だった俳優の猪越が遺体で発見される。コナンは現場の状況から密室殺人と判断する。

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コナンらはグランピングにやって来る。その夜、広場で会社社長の戸崎が遺体で発見されるが、遺体には不可解な点が多かった。それは容疑者に挙がった響子、美香、田辺が、それぞれ犯人と疑われるのを恐れてしたことだと判明する。だが、コナンは3人の誰かがうそをついていると確信する。

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コナンら少年探偵団は、公園で朋子という女性と出会う。夫を亡くしたばかりの朋子は、コナンらと行った植物園で梶木という男性と親しくなる。後日、コナンらは朋子の自宅に招待される。コナンらが3階建ての屋上に案内されると、そこで酒に酔った梶木が転落する瞬間を目撃してしまう。

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コナンらが招待されたアンナの誕生パーティーで事件が発生。アンナが覆面の男に射殺されてしまう。続いて、容疑者として捜査中の豹藤が翌日遺体となって見つかったため、高木刑事は事件の真犯人がいると考える。だが、コナンはアンナを殺害したのは豹藤だと確信し、豹藤を殺害した犯人を推理する。

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コナンらはドッグフード会社の女性社長・アンナの誕生パーティーでヨットハーバーにやって来る。だが、直後にアンナは覆面の男に撃たれて絶命し犯人は逃走する。現場に到着した目暮警部が来客に事情聴取していると、アンナの元恋人の豹藤が容疑者として浮上する。だが、豹藤にはアリバイがあった。

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門脇栄二が殺害される事件が起きた後、門脇の家で火災が発生。兄の優一は逃げ出せたが、母親の安子は遺体で発見される。コナンらは、教師だった安子のかつての教え子・高瀬の犯行を疑う。だが、高瀬には当時居酒屋にいたというアリバイがあった。コナンらは居酒屋へ確認を取りに行く。

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公園で青年の撲殺遺体が発見される。目暮（めぐれ）警部らが捜査をしているところにコナンらが偶然通り掛かり、捜査に加わることに。殺されたのは門脇栄二という問題児で、いつも母親の安子に暴力を振るい兄の優一が止めに入っていたとうわさされていた。それを聞いた目暮警部は優一を疑い、事情聴取をする。

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とある村の「村営昆虫人間牧場」を訪れたコナンらは、カブトムシに仮装した小学生から、村の森に国立カジノ付きのスーパー銭湯を造る計画があった話を聞く。だが、森の偵察に来た政府の役人たちが“蛾蛾姫”のたたりに遭い計画が中止になったという。コナンらはこの事件を調べることに。

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黒ウサギ亭で何者かが有里（ゆり）の酒にヒ素を入れる事件が発生。コナンは、蘭が拾った有里の付け爪について、有里の同僚から話を聞くことに。すると、ユリの花が描かれた付け爪は有里のトレードマークだったという。その後、コナンと安室は小五郎の何げない一言によって、事件解決の糸口を見つける。

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小五郎らが訪れた黒ウサギ亭で、バニーガールの有里がヒ素の入った酒を飲み倒れる。コナンと安室は、資産家の諸岡、執事の深町、有里の同僚・紗菜の中に犯人がいると推理。そんな中、安室は諸岡のボディーガードの話がきっかけで、幼い頃に宮野エレーナに治療を受けたことを思い出す。

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小五郎は、脅迫状が届いたという資産家・諸岡群蔵の依頼で、コナンらを連れて待ち合わせ場所の黒ウサギ亭へ。黒ウサギ亭はバニーガールが接客をする飲食店で、脅迫状には「黒ウサギ亭には近づくな」と書かれていた。すると、小五郎らと酒や会話を楽しんでいたバニーガールの一人が苦しみだす。

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コナンらは、ブックカフェ店主の裕次郎と本の出張買い取りに行き、希書を発見。希書は依頼主の夫の物で引き取らず帰るが、後日、その本が盗まれてしまう。依頼主は、裕次郎が盗んだと疑う。そんな中、沢田という男性が希書を持ち裕次郎の元を訪れる。裕次郎は盗まれた本と同じだと気付く。

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別居中の妻が殺害され、疑われるラジオ局プロデューサーの万田だが、コナンはお調子者の万田に計画的犯行は無理だと推察。そして、万田を陥れる動機があるアナウンサーの犬山、ディレクターの鯨井を疑い始めたコナンは、万田が過去に手掛けたラジオドラマが事件の鍵を握っていると考える。

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ラジオ番組にゲスト出演した小五郎は、都内のマンションに住むリスナーの女性から「上の階に住む女性が非常識だ」と相談を受ける。しかし、酒を飲んで出演した小五郎は暴言を連発。その後、上の階に住む女性が、「下の階に住む女性にラジオで笑い者にされた」と憤怒し、二人は口論になる。

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恐竜館にやって来たコナンらは恐竜ショーを楽しんでいたが、終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームへ向かうと、崩れた巨大な恐竜の化石像の下敷きになった館長の志田信久が絶命しているのを発見。コナンは、遺体の近くの床がぬれていることに気付き、その他の手掛かりを探る。

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佐伯由利の遺体が見つかった事件を調べていたコナンらは、関係者から話を聞くことに。一方、小五郎は遺体の第一発見者である水沢に呼び出されるが、原因不明の火事に巻き込まれた水沢は命を落としてしまう。コナンは、火事の現場の状況から何者かが仕組んだトリックに気付く。

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干上がったダム湖に現れた車の中から白骨化した佐伯由利という女性の遺体が見つかる。由利は40年前、“呪いの宝石ボルジアの涙”を持ち逃げしたとうわさされていたが、車内に宝石はなかった。コナンと蘭は、由利の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前の事件について調べ始める。

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コナンらは、銀行に爆弾を仕掛けたとうその電話をかけて騒ぎを起こした犯人を捜していた。そんな中、爆弾騒ぎでけがをした大坪が、何者かに殺害される。同じ騒動でけがをした神楽という人物が事件に関係していると推測するコナンらは、手掛かりを探すため、翌日、神楽に話を聞きに行く。

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銀行に爆破予告が入り、客たちが外へ逃げ出す。そこを通り掛かった元太は、巻き添えに遭い病院に搬送される。コナンらは、元太を見舞うため病院を訪れる。そこには他にも運ばれた人たちがいたが、コナンは、被害に遭ったのにうれしそうにしている彼らを見て不審に思い、事件について調べ始める。

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