蒼穹のファフナー EXODUS （第2クール）のあらすじ一覧
脱出作戦を開始するが、巨大なフェストゥムによってアルヴィスの本体は捕らえられてしまう。フェストゥムの牙が第2ヴェル・シールドにまで侵攻する中、織姫は黙ってその痛みに耐える。その織姫の様子を見た史彦は、極秘に用意していたプランへの移行を決意。一方、剣司と彗は同時にありえないものを見ていた。
キャンプの人々は、人類軍が引き起こした事件に衝撃を受ける。一方、航行不能状態の竜宮島では、生態系に深刻な影響が出始めていた。アルヴィスはファフナーのＳＤＰ（超次元現象）を使って現状を打破しようとする。さらに、パイロットたちの同化現象も、抑制治療を施しているにも関わらずますますひどくなる。
人類軍から攻撃を受けるナレイン一行は、無数のフェストゥムがいる荒野で、人が住まなくなった区域を目指すことに。今の彼らにとって、人間はフェストゥムより怖い存在になっていた。そこで、偵察に出た真矢とアイは、該当エリアとおぼしき場所を発見。一方、アルヴィスには内容の異なる2つの報告書が届く。
カノンは、ドライツェンのコックピットで一瞬垣間見た映像に希望をつかもうと、機体に乗り続ける。母である容子は、娘が何をしようとしているのか分からず、カノンを問い詰める。同じころ、彗の父・充は、彗の身に起きた現象と亡き娘・早苗のお守りとの関連性に気付き、お守りの中身を見た母・香奈恵は泣き崩れる。
ナレインら難民一行の現状と今後の方針について報告するため、高速機が竜宮島に向け飛び立つ。その機内には先の戦闘で負傷したスタッフの姿もあった。一方、竜宮島ではカノンがドライツェンのコックピットに座るたびに見る不思議な映像に悩まされていた。カノンはその内容についてアルヴィス上層部に直訴する。
基地まであと少しという地点で奇襲を受けたナレインらは、想定外の事態にうろたえ、撤退に手間取る。一方ミツヒロは、いち早く何が起こったのか気付き、ペルセウス中隊と竜宮島のファフナーに退却を命じる。ブリゲード・コントロールではエメリーが戦場の様子を察知し、敵にメッセージを送るため祈りをささげる。
人類軍大将ナレインは、ミールと対話できる少女・美羽と難民を率い、人類軍基地ダッカを目指す。そこには一騎ら竜宮島の派遣部隊もナレインの要請を受け、同行していた。途中のキャンプ地までたどり着いた一行は、視界を奪われるほどの暴風と砂煙に遭遇。そこへ待ち伏せしていたかのように敵の大群が現れる。
