文豪ストレイドッグス(第2シーズン)のあらすじ一覧
己のすべてを賭したフランシス・Fの野望を敦と芥川の協力による一撃が打ち破る。しかし、制御装置を手に安堵（あんど）したのもつかの間。何者かによって、再び白鯨（モビー・ディック）は地上へ迫っていく。「まだ方法はある」…。もはやこれまでかと諦めかけたそのとき、届いたのは鏡花の声だった。自分の乗る無人航空機を衝突させ、海に落とそうというのだ。たとえ、その身が硬い鎖につながれていようとも…。
白鯨（モビー・ディック）の制御端末を探して敦は船内を走る。だがそこへ、敦への復讐（ふくしゅう）に燃える芥川が立ちふさがるのだった。今にも街が失われようというときに、貴様を殺しに来たと言う芥川に対し、みじんも理解できないと憤る敦だが、2人は分かり合えるはずもなかった。太宰の指示でどうにか逃げおおせたものの、その先で制御端末を守っていたのは…。不運極まる敦が迎えた“最悪な状況”。ヨコハマの空の上、熾烈（しれつ）な戦いが始まる。
乱歩のもとに届いた「推理ゲームへの誘い」。それは、6年前に敗れた雪辱を果たすべく組合（ギルド）の遠征船に同乗してきたというポオからの挑戦状だった。勝てば「組合（ギルド）の弱点」を教えるという条件で、乱歩は与謝野とともに勝負を受ける。また太宰は、軍警に捕縛された鏡花を救出するため入院中の安吾を見舞う。そして、敦を白鯨（モビー・ディック）に単独潜入させる作戦に出た探偵社であったが…。
探偵社とポートマフィアの共闘。そんな敦の荒唐無稽な提案が、両組織のトップを密談の場へと動かす。だが、鴎外が一時停戦の求めをのむことはなかった。福沢はけん制する「今夜だけは邪魔をするな」と。その夜、Qの奪還に向かった太宰を待ち受けていたのは、組合（ギルド）のわな、そして…。太宰と中也。一夜限りの復活を果たす、黒社会最悪とうたわれた「双黒」コンビ。それこそが、鴎外の最適解だったのだ。かくして対組合（ギルド）共同戦線、反撃ののろしが上がる…！
敦を連れ去ろうとするフランシス・Fの前に、消息を絶っていた鏡花が立ちふさがる。生まれて初めての思いを胸に“戦う”ことを決めた鏡花は、敦の手を取り走る。だが、ギルドの参謀長官であるルイーザ・Aの作戦に抜かりはなく…。ついに敦は空に浮かぶ異能要塞（ようさい）へと拉致されてしまう。そして、求めていた「人虎」を手中に収め、さらにQを拘束したフランシス・Fは、ヨコハマの街を混乱に陥れる「緊急プラン」の発動を命じるのだった。
ポートマフィアからリークを受け、郊外に避難していたナオミと春野の誘拐に乗り出す組合（ギルド）のジョン・Sとラヴクラフト。危ういところを、ありふれたモラルを越えた谷崎の愛が救う。一方、敦と太宰は、逃げてくる彼女たちを安全な場所まで護衛するため駅で待っていた。監視されていることに気付いた太宰は、敦から離れて樋口と黒蜥蜴をおびき出す。しかしそこで、最悪な展開を告げられるのだった。鴎外が、いまわしき「Q」を解き放った、と…。
マーガレット・Mとナサニエル・Hは、組合（ギルド）が拠点とする豪華客船を守っていた。そこへ舞い込んだ一通の手紙。「船と2人の命を消す」とつづられた、ポートマフィアのボス・森鴎外からの予告状だった。続いて船員が、不審な男…梶井基次郎を拘束。2人は梶井を侮るが、やがて彼の持つ真の異能を知ることとなる。そして、沈みゆく船上に次なる刺客の姿が…。さらに鴎外は、とある「手土産」とともに中原中也を武装探偵社へ差し向ける。
人をあやめずに生きられる道を信じ、武装探偵社での初仕事に臨む鏡花だったが、お遣い先で一騒動起こしてしまう。うなだれる鏡花を励ます、敦。そのとき、もはや鳴らないはずの携帯電話から何者かが「夜叉白雪」に命令し、敦を斬りつけた。声の主は、ポートマフィアの幹部・尾崎紅葉。かわいがっている鏡花を連れ戻しにきたのだ。国木田たちが救援に駆けつけ、武装探偵社とポートマフィアはにらみ合う。だがそこへ、組合（ギルド）の異能力者たちがあらわれ…。
