BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
木ノ葉隠れの里への亡命の見返りとして、アマドから知っている情報を聞くことになった七代目火影・ナルトやシカマルたち。アマドは自身が果心居士と結託し、「殻」のリーダー・ジゲンを欺いていたことを告げると、ジゲンの本当の姿が遠い昔、大筒木カグヤと共にこの地にやって来た者・大筒木イッシキであることや、ボルトやカワキを悩ます楔（カーマ）がどのようなものであるのかなどについて語り始める。
「殻」の主要メンバーで“研究開発技術部”を取り仕切っていたアマドが、シカダイを人質にとり、木ノ葉隠れの里への亡命を求めてくる。アマドは亡命の見返りに知っている情報の提供を約束。信用できない相手ではあるものの、シカダイの命が懸かっていることもあり、火影自らが交渉に応じることに。一方「殻」のアジトでは、果心居士とジゲンが対峙（たいじ）し、それぞれが互いの本心を探ろうと思案を巡らせる。
何者かによって、木ノ葉隠れの里の忍者たちのデータが盗まれる事件が起きた。里の感知システムに異常がなかったことから、内部にスパイが紛れ込んでいる可能性もあると考え、里では警戒を強めるが、その犯人こそ、里に潜入中の果心居士だった。そんな中、事件の話を聞き、シカダイ、チョウチョウ、いのじんが独自に犯人の追跡を開始。その途中3人は、やはり独自に事件を追っていたカカシと出会い、協力して追跡を続けるのだが、カカシでさえも「手練れ」と認める居士に振り回されることになる。
これまでジゲンら「殻」の幹部と接触があったにもかかわらず、いまだに組織の詳細をつかめていない木ノ葉隠れの里。そんな中ボルトたちが戦ったボロが、大筒木一族の術“無限月読（むげんつくよみ）”による救済を求める教団の教祖だったことが分かり、「殻」との関係を探るため、木ノ葉丸とサイに教団内部への潜入任務が下る。二人はそこで、ボロに選ばれ“神”の下で働く弟が、数年ぶりで帰ってくるという女性と出会う。
カワキは、ボルトや自分自身の身に起こった異変への恐怖、そして、思った以上に楔（カーマ）が危険なものであることを実感し、「殻」がつけ狙う自分がいることで、木ノ葉隠れの里がさらに大きな危機にさらされると思い始める。これまで親切にしてくれたうずまき家の人々や、仲良くなった里の仲間たちをこれ以上危ない目に遭わせたくないカワキは思い悩むが、そんなカワキが偶然、おかしな行動をとるヒマワリの姿を目にする。
新生第七班の攻撃で大きなダメージを受け、怒り狂うボロの反撃で、ボルトたちは再び全滅の危機に陥る。ところがボロの攻撃で気を失ったボルトの意識を乗っ取り、突然、大筒木一族のモモシキがよみがえる。そして、驚くサラダ、ミツキ、カワキの前で凄まじい力を見せつけるのだった。こうして死闘の末、何とかナルトを救出し里へと帰ることができたボルトたち。だが、ボルト本人には記憶がないものの、戦いの最中にボルトの身に起こった異変に、サラダとミツキは不安を募らせる。
新生第七班の渾身の攻撃がボロを捉え、反撃は成功したかと思われた。だがボロは、バケモノじみた自らの再生能力を使って復活してしまう。ミツキの機転でボロが放出する“黒いモヤ”から身を守れるようにはなったものの、高い戦闘能力と不死身の体を持つボロを倒す方法が見つからない。そんな中カワキは、ボロの再生能力を封じる唯一の方法をサラダに伝え、仲間と共に勝負に打って出る。
ボルトとカワキの楔（カーマ）を使った“時空間忍術”で、ナルトが連れ去られた異空間へとたどり着いたボルト、サラダ、ミツキ、カワキの4人。そこでは、ナルトを封印した椀型の柩を監視する「殻」のボロが待ち構えていた。ナルトを救出するため、ボロに次々と攻撃を仕掛けるも、ボルトたちは、体の自由を奪う謎の“黒いモヤ”を放出するボロに追い込まれていく。状況を打破するため一時撤退した4人は、新たにカワキを加え、サラダを隊長とした4人一組（フォーマンセル）による“新生第七班”を結成し、反撃を開始する。
突然現れた敵と共に、里長である七代目火影・ナルトが姿を消し、事態を重く見た火影の補佐役・シカマルが部下を連れてうずまき家を訪れた。カワキが「殻」のスパイである可能性を捨てきれないシカマルは、ナルトの失踪時にそばにいたカワキを疑い、しばらくの間、結界内で軟禁することを決める。しかし、カワキとすっかり打ち解けていたボルトは、シカマルの態度に腹を立て反発する。そんな中、カワキは譲られた義手を通して、自身とナルトをつなぐチャクラを感じ取る。
ジゲンの能力によって異空間に連れ去られたナルトの前にサスケが現れた。ジゲンを「ヤバイ野郎」と呼び、この場で何が何でも倒さなければならない相手だと言うサスケ。ナルトとサスケはジゲンを倒すために協力し合い激闘を繰り広げるが、高い戦闘能力を誇り、不可解な術を使うジゲンに苦戦する。一方、自身の楔（カーマ）の異変から嫌な予感を覚えたボルトは、ミツキと共に急いで自宅に帰るが、そこには連れ去られたナルトの身を案じるカワキとサラダがいた。
ナルトと共にうずまき家にいたカワキの楔（カーマ）に異変が起き、突然その目の前に「殻」のリーダー・ジゲンが現れる。ナルトやカワキだけでなく、ひそかにカワキの監視を続けていた果心居士も驚く中、ジゲンは抵抗するカワキを強引に連れ戻そうとする。これを目にしたナルトはカワキを守るためにジゲンに戦いを挑むことに。ついに、七代目火影・ナルトと「殻」のリーダー・ジゲンとの直接対決が始まる。
飛行船墜落現場より木ノ葉丸が持ち帰ったデータから、気になる情報を得た“暗部”の長官・サイに依頼されたサスケが、“時空間忍術”を使いとある場所を訪れた。そこは謎めいた図形がいくつも描かれた奇妙な空間で、サスケはこの場所で“大筒木一族”に関係する数々の驚くべきものを目にする。その頃、「殻」の幹部の一人・ボロは、集まった人々を前に誰もが幸福になれる方法があると説いていた。
眠っているナルトのそばで、割ってしまった花瓶を修理していたカワキの前に、突然、九尾の尾獣・九喇嘛（クラマ）が姿を現した。ナルトの中に封印されこれまでともに生きてきた九喇嘛から、昔のナルトに似ていると言われるカワキ。思いがけずナルトの半生について聞いたことで、カワキは自身もナルトのようになりたいと思い始める。そして、同じく楔（カーマ）を刻まれた者であるボルトとも協力し、すべての元凶であるジゲンと「殻」を倒すことを改めて決意する。
デルタとの戦いで片腕を失ったカワキが、ナルト用に作られた義手を譲ってもらうことになった。本来なら義手はナルト本人のチャクラでないと動作しないが、ナルトが自身のチャクラを分け与えることでカワキにも同じものが使えるようになる。驚きつつもいつかナルトから聞いた、「チャクラは互いを“つなぐ力”であり、誰の中にも存在する」という言葉を思い出したカワキは、ナルトに頼んで忍術の修業をつけてもらうことにする。一方その頃、デルタの報告から、ボルトの手のひらにも楔（カーマ）が刻まれていたことを知ったジゲンは、一人満足げな笑みを浮かべていた――。
ナルトとの戦いに勝つためにひきょうな方法を使い、カワキを“モノ”として扱うデルタにナルトの怒りが爆発。ナルトは、細胞を死滅させ、どんな“再生能力”でも阻止するデルタの“破壊光線”をも恐れることなく、巨大な“螺旋丸”で強引にかき消すと、さらに術を強力にして押し込んで行く。しかし科学忍具で改造されたデルタには、大きさに関係なくどんな術でも吸収する能力があり…。果たして、戦いの結末は!?
カワキを連れ戻そうと強引に里に侵入したデルタがボルトたちの前に現れた。ボルトやヒマワリ、カワキを守るため、デルタの前に立ちはだかるナルト。だがカワキが「バケモンぞろい」と恐れる「殻」の幹部の一人であるデルタは、科学忍具で改造された体を自在に使いナルトを攻撃。これに対しナルトも“九尾の力”を解放し戦う。互いに怪物じみた戦闘能力を持つ二人が、激しくぶつかり合う!!
楔（カーマ）をうまく使いこなすために、ボルトがカワキと実戦形式の訓練をすることになった。ナルトとヒマワリが見守る中、互いに楔を発動させたボルトとカワキが対峙（たいじ）する。一方、カワキの行方を追う果心居士と合流したデルタは、木ノ葉隠れの感知システムをなぜかあっさりすり抜けて里へと侵入した居士に、一人その場に置き去りにされ、仕方なく帰りを待つことに。ところがなかなか居士が戻らず、ついにはしびれを切らし…!?
「楔（カーマ）の研究になるかもしれない」とのナルトの提案で、ナルトとボルト父子の手合わせを見ることにしたカワキ。忍組手による手合わせで、ボルトは得意の“影分身の術”を駆使するなどして父に挑むが、力の差はまだまだ大きく苦戦する。これを見たカワキは、研究のためにもボルトに楔の力を使うように言う。その一方でカワキは、ナルトとボルトの父子がそろって得意とする影分身の術にも興味を持つようになり…？
割ってしまった花瓶の替わりに新しい物を用意することにしたカワキが、ナルトに連れられ街にやって来た。途中で出会ったサラダも加わり、一緒に、いのが経営する“山中花店”に向かう。ところがカワキはこれまでの生い立ちのせいか、話し掛けるサラダに対して不愛想でかたくなな態度を取ったり、街でぶつかってきた子供を反射的に攻撃してしまうなど、どこか普通の生活とはなじめないようで…。
ボルトとカワキのうずまき家での同居生活が始まった。初めての普通の生活に戸惑いながらも、うずまき一家の楽しげで温かな雰囲気にどこか安心した気持ちを抱くようになるカワキ。一方ボルトは、妹のヒマワリが母に贈った花瓶をカワキが割ってしまったことに怒りが収まらない様子で、二人は度々小競り合いを繰り広げることになる。そんなボルトにカワキは、楔（カーマ）を刻まれた者同士としてあることを提案する。
