BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
任務でヴィクタの会社を偵察中の木ノ葉丸とムギノが、ヴィクタの会社に“谷の国”の大名が査察に訪れるとの情報を入手。これを利用し、限られた人間しか立ち入ることができない研究施設の奥を探ることにする。一方、修業を終えたボルトとサラダは、先日の人探し任務の依頼主・ミアの元を訪れ、ヴィクタに連れ去られた研究員・アナトが持っていた指輪を届けるが、彼が亡くなったと聞きショックを受ける。
修業の反動で入院することになったボルトの見舞いにやって来たイワベエ、デンキ、メタルが、この病院に入院している少年、糸引ナットウと出会った。やんちゃで生意気なナットウに散々振り回された挙句、ある人物の“サイン”をもらってくるよう頼まれるイワベエたち。その人物とは誰もが恐れるあの忍者!? 最初は断ろうとする3人だが、ナットウが間近に大きな手術を控えていることを知り、何としてもサインを手に入れようと考える。
カカシの指導を受けながら、自分なりのやり方で螺旋丸を強化することに成功したボルトが、カカシの用意した相手と戦い、その成果を見せることになった。一方サラダは父サスケに代わり、母のサクラから実戦による修業を付けてもらうことになる。固い決意を胸にこれまで懸命に修業を続け、それぞれに手応えを感じ始めていたボルトとサラダ。二人が積み上げてきた努力の結果は!?
修業に励むボルトのところにシカダイがやって来た。行き詰まりながらも必死で突破口を見つけようとするボルトだが、先日の任務でディーパと戦い、その恐ろしさを実感したシカダイからは再戦は無謀だと言われる。だがボルトは、そんなシカダイに強くなりたい本当の理由を話し修業に協力してもらうことになる。一方、うちは一族特有の写輪眼を強化しようと考えるサラダは、父のサスケとの修業に取り組んでいたが、娘の身を心配する母のサクラと口論になってしまい…!?
シカダイ、いのじん、チョウチョウの第十班が、砂隠れの里のシンキ、ヨド、アラヤと合同で任務を行うことになった。それは、以前シカダイが戦った大筒木一族の傀儡の残骸を捜索、回収すること。任務のため”風の国”へとやって来た第十班は、とある店に立ち寄ることにするが、シカダイはその店先ですれ違ったただならぬ雰囲気を漂わせる男のことが気になる。実はこの男こそボルトたちに重傷を負わせたディーパで、3人は店の中で恐ろしい光景を目にすることになる。
自分たちの力不足を実感し、もっと強くなるために修業を積むことにしたボルトとサラダ。ボルトは今使える最強の術”螺旋丸”をより強力なものにしようと考え、螺旋丸が使えるもう1人の人物カカシの元を訪ね、サラダは父サスケの指導の下、”写輪眼”を使いこなすためにそれぞれ厳しい修業を始める。一方、正式に許可を取りヴィクタの会社を訪問していた木ノ葉丸とムギノは、ヴィクタの目的を知るために正面から挑むが…？
ディーパとの戦いで重傷を負ったボルトたちが里に帰ってきた。ボルトとサラダは医療班で、ミツキは大蛇丸の元でそれぞれ治療を受けることになるが、この戦いでディーパに全く歯が立たなかったボルトとサラダは、悔しい思いを胸にある決意をする。一方、事件のことを火影らに報告した木ノ葉丸は、さらなる調査をし、「殻」との関係を探るため、ヴィクタの会社を偵察させてくれるよう頼む。
何としてもディーパより先に霞の国の忍者の長兄・アサカに追い付きたいボルトたちが、やっとのことでアサカの下にたどり着いた。だがボルトたちは、一足遅れて到着したディーパから不意に攻撃され、反撃するも、どんな攻撃も通用せず、驚異的な戦闘力を誇る相手に焦りを隠せない。そこになぜかヴィクタが現れ…!? 人探しの任務中にボルトたちが巻き込まれた一連の事件。原因となった柱間細胞を、ボルトたちは木ノ葉隠れの里へと持ち帰ることができるのか!?
ユウガの結界から抜け出したボルトたちだったが、今度は兄弟の次男・ヒルガに足止めされることになる。ユウガ同様、自分たちに与えられた任務のためならばどんな方法を使ってもやり遂げようとするヒルガの術によって動きを封じられてしまうボルトたち。術を解こうともがくボルトは、自らの命も顧みない兄弟の戦い方に戸惑い、その理由を問い詰める。そんなボルトにヒルガが話したこととは…？
ボルトたちがついに本物の強奪犯、霞の国の忍者兄弟に追い付いた。だがボルトたちは、兄弟の1人ユウガが禁術によって呼び出した化け物と共に、強力な結界の中に閉じ込められてしまう。手当たり次第にチャクラを奪う化け物に驚愕（きょうがく）しながらも、これを倒して結界から抜け出そうと言うボルト。だがムギノから、特殊な術に対処できるかも分からない状況で、余計な戦闘は避けるべきだと一蹴される。
なんとかならず者たちから逃れることができた第七班とムギノが、強奪犯を追う途中、手だれぞろいの忍者の小隊と遭遇。お互いに事情が分からないまま一触即発の状況となる。緊張が走る中、木ノ葉丸が間に入り、彼らから、追跡中の犯人が“霞（かすみ）の国”の忍者であるとの情報を得ることができたボルトたちは、再び強奪犯の追跡を開始するが、そんなボルトたちの行く手にディーパが立ちふさがる。
俘囚城で起きた強奪事件に巻き込まれ、犯人にされたばかりか、黙の国のならず者たちから追われる羽目になったボルトたち。何としても本当の強奪犯を捕らえたいボルトたちだが、次から次へと襲い掛かって来るならず者に邪魔され真犯人を追うことができない。ボルトの機転で一旦は危機を脱したものの、トラブルによって取り囲まれ、ついにボルトたちは逃げ場を失ってしまい…!?
初代火影・千手柱間（せんじゅハシラマ）の体から採取され、生体エネルギーを爆発的に活性化させる力を持つが、扱いによっては危険なものとなる“柱間細胞”。今回の事件に関係があると思われるこの柱間細胞が、黙（しじま）の国の“俘囚城（ふしゅうじょう）”で暮らす大富豪の手元にあると知ったボルトたちは回収を計画するが、これを狙い、奪おうとする者たちがいた。さらに、先日ボルトたちが出会った製薬会社の社長・ヴィクタと、謎の男・ディーパも怪しい動きを見せる。
ムギノの知り合いの医師・ユビナの元にミツキを残し、事件の手掛かりを求めて“黙（しじま）の国”にあるブラックマーケットへとやって来たボルトたち。だが黙の国は治安が悪く、忍者崩れの悪人たちが集まる無法地帯だった。少しの油断もできない中、最も危険な地域に店を構える情報通の店主の元を訪れたボルトたちは、くせ者の店主が雇った用心棒と一戦交えた後、何とか店主から情報を聞き出すことができたが…？
ボルトたちがようやく行方不明の研究員を見つけ出した。ところがその姿はすっかり変わり果て、自我も失っていた。力任せに暴れる相手と戦いながらも何とか無事に依頼主の下に連れ帰りたいボルトたち。そこへ捜索隊を従えた医療メーカーの社長・ヴィクタが現れる。社長自ら捜索隊に同行し、この研究員を捜していたのだ。そして研究員を拘束するとそのまま連れ去ってしまい、ボルトたちの任務は失敗に終わる。そんな中、先ほどの戦いが原因で、ミツキの体に異変が起きる。
ボルトたち第七班に「行方不明になった医療メーカーの研究員を捜す」という任務が言い渡された。だが依頼主は遠く離れた国に住んでおり、さらにこの研究員は、各地で医療技術に役立つ新しい材料を探すという仕事をしていて、知らない場所での人捜しは困難と思われた。そんな第七班のために土地勘のあるムギノが案内役も兼ねて任務を補佐することになる。ムギノは長く遠征任務に出ていた上忍で、木ノ葉丸もよく知る人物。早速ムギノと共に任務を開始するボルトたちだが…？
狢強盗団の頭領・ショジョジから得た情報を基に、サスケとサイが“雨隠れの里”にある謎の組織「殻（カラ）」のアジトと思われる場所を訪れた。そこはかつて起きた事故のために今は立ち入り禁止となっている地下水路で、サスケとサイは早速、調査を開始しようとする。そんな二人の前に「殻」のことを知る唐野ガラシが現れ、二人はガラシの案内で、アジトの捜索、調査をすることになる。
父チョウジとの修業を終えたチョウチョウが、父子で甘味処へとやって来た。ところが小豆を使った甘味が全て品切れという異常事態（!?）に見舞われる。実は最近、運搬中の小豆を奪って高額で売りさばく盗賊が現れるようになり、材料が手に入りにくくなっているというのだ。話を聞いたチョウチョウは大切な小豆を守るため、“忍者学校（アカデミー）”の恩師でスイーツ仲間のみたらしアンコと協力し、盗賊を捕らえようと考える。
ある雨の日、猫のミカヅキに導かれ、ミツキがケガを負った1人の男を助けた。どういう訳かミカヅキに懐かれたその男は、木ノ葉隠れの里で働く妹に会いに来たと言い、ミツキとも親しくなる。そんな中、第七班が警務部から護衛任務の協力を頼まれる。護衛対象は「雨の殺人鬼」と呼ばれる連続殺人犯に命を狙われている会社の社長。ところがなぜか社長は「身に覚えはない」と言い放ち、警務部の護衛を断ろうとする。
いろいろなことに興味があり、将来の夢がたくさんあるヒマワリが“忍者学校”の一日体験会に参加することになった。集まった参加者は、シノたち先生の指導でさまざまな授業を体験するのだが、そんな中ヒマワリは、すでに将来忍者になることを決めている参加者の海苔巻エホウから、興味本位で体験会に参加したことを批判される。そして気まずい雰囲気のままエホウたちとグループを組み、簡単な任務体験をすることになるのだが…？
