消滅都市のあらすじ
互いを認識し合うことで、なんとか意思を保つタクヤとユキ。最深部でロストの拡張を食い止めていた父ダイチと対峙するタイヨウ。ダイチがユキに送ったメッセージの真意とは？ ロストに巻き込まれた無数の人たちのため、今を生きる全ての人たちのためにユキが下した決断とは？ そしてタクヤとユキの旅路の結末は…。
互いの決意を確かめ合ったタクヤとユキは、いよいよロストへ向かう。波動性物質の影響を受けても二人が記憶を保ち続けられるよう、ギークたちは外部から支援する方法を模索する。一方のタイヨウもまた、ダイチがロスト内部で存在し続けていると確信し、決着をつけるべく自らロストへ。ロストの最奥で、二人は何を見るのか…。
ソウマを自らの手で葬ってしまったユキと、そんなユキを見守るタクヤ。エイジとキキョウは二人の身を案じ、あることを打ち明ける。ロストには人体に影響を及ぼす波動性物質が充満しており、生きて帰った人間はいない、と…。互いを思うあまり、進むことも退くこともできなくなったタクヤとユキ。二人が下した決断とは？
ユキが生まれる以前、若き日の父ダイチの物語。ダイチはある目的のため、タイヨウ、ツキとともに別の並行世界からやって来た。組織を牛耳り、人体実験を繰り返すタイヨウとツキ。並行世界をつなぐポータルを完成させようと、研究に没頭するダイチ。そんな彼は、ある日ミフユという女性と出会い、自らの使命への葛藤を深めていく。やがてタイヨウとのあつれきは決定的になり…。
養護学園は、ラクーナケミカルとつながりがあり、子どもたちは人体実験の材料にされていた。その物証を得たタクヤは、仲間たちと団結して、敵組織に立ち向かうことを決意。真正面からぶつかっても勝ち目がないと考え、メディアを通じて、敵組織の秘密を暴く作戦を決行する。一方、敵組織のリーダー・タイヨウには、恐るべき計画があった。タクヤたちは作戦は成功させ、タイヨウを追い詰めることができるのか…？
