GRANBLUE FANTASY The Animation season 2のあらすじ
グランとルリアは帝国の駐屯地から脱出し、ラカム達との合流を果たす。ノアは帝国の襲撃によって朽ちてしまったグランサイファーをよみがえらせようとするが、消耗していたため力が足りず、ガロンゾ島に住む契約をつかさどる星晶獣ミスラの力を借りることを提案する。しかし、突如襲った魔晶の力により、ノアは苦しみながら暴走を始めてしまう。ノアを救い、ラカムの声を届けるために、グラン達はフリーシアの陰謀に立ち向かう。
突如現れたポンメルン率いるエルステ帝国軍によって、連れ去られてしまったグランとルリア。魔晶の影響で苦しむノアも、同じく帝国の駐屯地にある研究所に囚われていた。残されたラカムたちの前にはロゼッタが現れ、グランたちの救出に力を貸してくれるという。忘れていた遠い記憶を思い出したラカムは、一刻も早いノアの救出を決意する。そして、連行されたグランとルリアはエルステ帝国宰相フリーシアと対面し…。
傷ついたグランサイファーを補修するため、グランたちは艇造りの聖地と呼ばれるガロンゾ島に向かう。ガロンゾ島でグランたちは艇の修理を依頼するが、船大工達は巨額が動く仕事にも関わらず、契約書を取り交わすことはしなかった。そのことを不思議に思っていると、ガロンゾ島には口約束でも約束を遵守させる神様がいるのだと教えられる。修理費用を稼ぐためシェロカルテからの依頼をこなすグランたち。一方、修理を指揮するため艇に残ったラカムの前に、一人の少年が現れる。