妖怪ウォッチJam「妖怪学園Y 〜Nとの遭遇〜」のあらすじ一覧
【最終回】すっかり日常を取り戻したY学園。いつものように過ごすジンペイたちだが、マタロウだけはなぜか元気がない。ジンペイたちが問いただしてみると、マタロウは親の引っ越しでアメリカへ渡ることになったと告白する。しかも、もう日本に戻ってこられないというのだ。さみしさをあらわにするジンペイたちだが、へこんでるヒマはない。ジンペイたちはマタロウのために送別会を企画。みんなでお菓子やジュースを囲みながら、怪談を語り合う遊び・百物語をやることに。
突如激変したライムの言動によって、一同の間に不穏な空気が流れる。ライム自身も忘れていた、冗談としか思えないようなこの展開…。自分の正体、そして本当にやるべきことをはっきりと思い出したライムは、母なる星の意思を継いで動き出そうとする！ 命はつないで、つながれていかなければいけない――そう強く思っているジンペイは、なんとかしてライムを救おうとするが…。アトランティス、そしてライムの運命はいかに!?
アトランティスの超科学によって生み出されてしまったモンスター「オズマ」…。オズマはアトランティスの都市を次々に破壊し、自らの体と融合して巨大化を続けており、このままではあと48時間でアトランティスは消滅してしまう。アトランティスを救うべく誕生した超文明HERO「テラノーグ」は、オズマとの最終決戦を明日行うと宣言する。テラノーグに協力することにしたジンペイたちは、それぞれの思いを胸に最後の戦いに臨もうとしていた。そんななか、テラノーグことライムは、自らの出生について思いをはせる。自分はオズマを止めるために生まれた救世主…アトランティスの地に生まれた時からそう悟っていたライムは、独りでオズマに挑む決意を固めるが…。
ワームホールからジンペイたちがワープしてきた先は、なんと、はるか昔に栄えたとされる伝説の超古代文明の世界「アトランティス」！ 古代とは思えないほどの未来的な街や人々に驚く一同。そして今まで隠されてきた、ラナの正体が明らかになる。指導者であるアマーナ・エトラムスは、アトランティスを救う力を手に入れたいと言うが、無限のエネルギーを生み出し、未来永劫（えいごう）の繁栄を約束されたはずのアトランティスに、一体何が起こっているのか…？ 時代を股に掛けた、ジンペイたちの新たな戦いが今、始まる!!
負傷者が続出する壮絶な戦いとなった「IKUSA」だが、ついに中等部と高等部の対立に終止符が打たれた。そして豪万蛇は、中等部をつぶそうとした真の理由をジンペイたちに告白するのだった。それは今から1ヶ月前のこと。Y学園の支援者を自称する学校経営コンサルタント・知帝来人が、豪万蛇を訪ねてきたのだという。知帝は、中等部の一部の生徒がYSPウォッチという不可解なものを使用して謎の力を操り、学園の品位を低下させていると熱く訴え掛けてきたらしい。そして彼から魔神ウォッチを得た豪万蛇は、中等部との抗争を企てたのだった。つまり、今回の騒動の首謀者は知帝…。須佐野の話では知帝はあのUGカンパニーの者だというが、彼らの本当の狙いとは？
ついに中等部と高等部による「IKUSA」が開会！ 互いの陣地を攻め合い、相手の陣地の旗を先に倒したほうが勝者だ。中等部はマタロウ、高等部はラナを大将にして戦いが始まる。須佐野は必要以上に中等部を敵視する豪万蛇に違和感を抱くが、当の豪万蛇は本気で中等部を追い出すために戦うつもりだ。そして、関ヶ原グラウンドにて決戦の時がやって来た…！ ジンペイたち中等部は勝利を得て、学園追放の危機を免れることができるのか!?
高等部で行われる格闘型競技大会「IKUSA」に出場することになったジンペイたち。その戦いに勝つため、ヒーローの戦力をアップしておきたい一同の元にあの人が現れる。ぬらり師匠が提示したパワーアップの方法は、アースウォーカーの中の新生妖魔界から古典妖怪たちを引き出し、「イニシエ合体」をすることだ。クウカから魔神ウォッチを渡され、古典妖怪に認められるための特訓をするジンペイたち。周りが次々にイニシエ妖怪HEROになっていく中、なぜかフブキだけがにんぎょから力を借りられずにいた。
高等部の治安を守る自警団「須ン選組」の局長・須佐野オウジロウの助けで、豪万蛇会長のいる高等部本校舎へとやって来たジンペイたち。最上階にある生徒会室にたどり着くためには、さまざまなトラップが仕掛けられた「からくり回廊」を突破するしかないという。からくり回廊の説明を須佐野から聞こうとした矢先、豪万蛇会長に従属する豪忍隊によって須佐野がさらわれてしまった！ ジンペイたちは、謎多き高等部の女子生徒・阿万手ラナの導きにより、からくり回廊へと足を踏み入れていくが…。果たして、ジンペイたちは無事に生徒会室にたどり着き、豪万蛇会長に直談判することができるのか!?
中等部の生徒たちに一週間以内に学園を去ることを命じ、応じない者には催涙ガスでの総攻撃を加えると宣言した、高等部の豪万蛇会長。そんな彼に総退学を取り消すよう直談判するため、ラントとジンペイたちは高等部へと向かう。修学旅行気分のジンペイたちが到着した高等部エリアには、大正ロマン風の独特な情緒が漂っていた。そして、至るところに怖そうなおばさんのポスターが貼られており、お土産のパッケージやゲームのキャラ、「プリコラ」の美人加工モードまで、全てそのおばさんばかり…。彼女はいったい何者なのか？ そして、中等部の総退学を要求している真の人物とは!?
高等部生徒会長・豪万蛇スグルから、「総退学」を要求されてしまったジンペイたち中等部。不可解な事件が多発し、ここ数年で学力・評判を低下させている下品な中等部は、全員学園を去れと言う。学園長から高等部にガツンと言ってほしいと頼むジンペイたちだが、大王路にはどうにもできない事情があるらしい。翌日、高等部生徒会は何か攻撃を仕掛けてくる様子もなく、ジンペイたちは一安心。しかし授業中に、トイレに行きたくなったジンペイが先生に申し出ると、突然警告音が響き渡って!? 高等部による“お上品”な退学誘導作戦とは!?
すっかり日常を取り戻したY学園。登校途中、「ジンペイにそっくりな人を見た！」と、朝からハイテンションのマタロウ。その背後には、猫妖怪らしきものもついていたという。そっくりさんはジンペイのドッペルゲンガーかもしれないとマタロウが部室で大騒ぎする中、おなかが空いたジンペイは購買へと向かう。すると早速、出会ったら死ぬと言われているドッペルゲンガーに出会ってしまい…!? 明かされるY学園高等部の存在、さらに校庭には、倒したはずのマゼラが新たな脅威として姿を現す。
ティーダイン、DSギャラクシーも進化をとげ、妖怪HEROたちは力を合わせてマゼラボルトと死闘を繰り広げる。そして、その体内に再生した「新生妖魔界」によって、強大な力の根源を得たアースウォーカーNOAアーマードは真の最終形態である「ブラックキャット」へと進化し、マゼラボルト渾身（こんしん）の一撃をはねのける。ブラックキャットたちはパワーを結集し、ついにマゼラボルトを殲滅！ いよいよ惑星破壊ミサイル「ハカイヤーDX」でマゼラ本体であるブラックホールを破壊しようとしたその時、マゼラボルトによってハカイヤーDXのメインエンジンが壊されていたことが発覚。このままではマゼラを倒すことができない…その時、マタロウがある提案をする。
マゼラの真の姿である「マゼラボルト」は、最終兵器ロボ「ガッコウガーENMA」をあっさりと倒し、メイン校舎の方へと向かう。他の生徒たちに危害が及ぶのを阻止するため、ジンペイとコマは最強フォーム「アースウォーカーNOAアーマード」へと変身・合体し、マゼラボルトの後を追うのだった。満身創痍（そうい）で戦う妖怪HEROたちを見てマタロウも一緒に戦おうと闘志を燃やすが、「今は敵の手の内を見る時だ」とティーダスに止められる。劣勢の妖怪HEROたちの姿を前に必死に耐えるマタロウは、「僕は僕が信じるヒーローでいたい…」と決意を確かなものにして…!?
「地球を10分で焼き尽くし、滅ぼす」と宣言したマゼラは、地球各所の火山にメテオゴンを配置。地球が火の海となるまで、残された時間はごくわずかとなっていた。「私が合図した途端、この星は終わりだ」――そう豪語するマゼラを前に絶体絶命かと思われたが、ぬらり師匠との特訓を終えてパワーアップした妖怪HEROたちは、ティーダインの「超速サークル」を使って、全てのメテオゴンとブラックデイモンを10分以内に一掃するため、立ち上がる！ 各地に散らばるメテオゴンをものすごいスピードで倒していくアースウォーカーNOA。だが疲労で変身が解け、ジンペイはなんと爆睡してしまって…!?
ついに、異星人との最終決戦の幕が開く！ 思念体としてY学園に現れたマゼラは、地球を“食す”…つまり、地球を10分で焼き尽くすと宣言する。全ての元凶であるマゼラの言葉を聞き、衝撃を受ける生徒会一同とYSPクラブの面々。フブキはメラと九尾の力を借り、なんとか時間を稼ぐ。時間の猶予ができたものの、異星人の戦力に対して妖怪HEROの戦力は圧倒的に足りない…。最終決戦を前に大幅なパワーアップが必要なジンペイたちの前に、ある人物が現れる。それは、ジンペイとコマが秘密でお世話になったあの“師匠”で…!?
ゾディアライアとの決戦から1カ月。Y学園にも穏やかな日常が戻りつつあり、ジンペイたちは平和な毎日を過ごしていた。そんな中、学園長が突如、学園の復興を願うイベント「負けないY！ 立つんだY！ YY復興フェスティバル」の開催を決定。その一方でラントは、来たるべき異星人襲来に備えて生徒会組織の再編成を行う。新生生徒会の初任務は、全クラブを巻き込んで復興フェスティバルを成功させ、その裏で異星人への反撃の準備を進めること。YSPクラブは、フェスティバルで学園長がスピーチをするためのお立ち台の設営を任される。ジンペイはメンバーとしてミケッティオを呼び出すが、ミケッティオは何かを作ったことなど一度もなく…。
ラントの処刑が失敗に終わり、地球血盟生徒会の面々の活躍によってキラボシキャッスルまでも破壊されたエルゼメキアは、地球侵略の最終フェーズを宣言。どんなことをしてでもふるさとを守りたい――そんな揺るぎない思いを胸に秘め、エルゼメキアはゾディアライアへと変身を遂げ、天見エルナの体を解放する。ジンペイはミケッティオを憑依しアースウォーカーに、ラントはDS（ディープシャドウ）ギャラクシーに変身し、ゾディアライアに挑む。しかし、マゼラの力によりパワーアップしたゾディアライアは、エルゼシャドウマンを生み出し…!?
つかの間の平穏が訪れたY学園。ジンペイたちは屋上で集まって今後の戦いについて話し合い、マタロウはクウカにこれまでの変身データを元にして「URウォッチGAI」のパワー調整をしてもらっていた。そんな中図書室では、臼見沢が一人、ある本を開こうとしていた。なぜ、この本がY学園の図書室にあるのか…。物語の舞台は、宇宙に浮かぶ、氷に覆われた白く美しい星「コーリー」。赤き魔星に脅かされた、遠い星の悲しき物語が今、そのベールを脱ぐ…！
ラントの処刑が5時間後に迫る中、マタロウの活躍によってTJGの破壊に成功し、ジンペイたち妖怪ヒーローがようやく変身できるようになる。クウカがモモに託したキラボシキャッスルの見取り図を頼りに、参歩の指揮の下、生徒会はラント救出のためにキャッスル攻略の作戦を立案。それは、YSP能力者や戦力になりうる者で総攻撃を仕掛ける…というものだ。ただ、キャッスル内には約4000人もの戦力がいるらしい。ジンペイたちはそれぞれ小隊を組み、あらゆる場所からキャッスルへと侵入を試みる。無事にラントを救出し、処刑を阻止することができるのか!?
ラントの処刑が7日後に決定した。「そんなことは絶対にさせない！」と息巻くジンペイたちだが依然として変身することができず、現時点ではなすすべがない状態だ。そんな中、ナユがラントを救うための提案をする。それは、マタロウをヒーローとして目覚めさせ、まずはTJGを破壊すること。ナユの話では、マタロウの中には本人さえも気付いていない、とてつもなく大きな力が眠っており、その力を解放できれば、この状況下でもヒーローに変身できるというのだ。果たしてマタロウは、最強のニューヒーローとなりえるのか!? そして、宇宙を脅かしてきた真の敵の存在も明らかになる!!
