幻想水滸伝のあらすじ一覧
ミューズから逃げ延びたリリュウらは、ひとまず廃村となったノースウィンドゥに身を寄せる。アップルは王国軍の進攻に備えるため、有能な軍師の加入を提案する。リリュウらはアップルの兄弟子でもあるシュウという人物と会うため、ラダトの街へ向かうことに。リリュウとナナミはアップルの護衛役として、ラダトのシュウの屋敷へ同行する。だが、軍師への熱意をすっかり失ったシュウに冷淡な態度で追い返されてしまい、リリュウらは途方に暮れる。程なく、リリュウらは凄腕の探偵を自称するリッチモンドから、シュウに関する情報を得る。諦めたくないアップルは、シュウが軍師就任の条件として提示した無茶な懸けに挑む。
王国軍がミューズへの夜襲を計画していることを知ったジョウイはそれを阻止するため、ルカにある提案をする。そしてジョウイは、ミューズで待つリリュウ、ナナミ、ピリカの元に無事に戻り再会を喜ぶ。だが、ジョウイはどこか浮かない表情を見せ、リリュウはその様子が気になる。日が暮れ夜になり、リリュウとナナミはゲンカクについての話を聞くため、市庁舎のアナベルの部屋を訪ねる。ドアを開けたリリュウらは、信じられない光景を目の当たりにする。その頃、王国軍のミューズへの奇襲が始まる。
ミューズで無事に仲間たちと再会できたリリュウらは、ビクトールの紹介で市？のアナベルと面会する。そこで、都市同盟の代表が集う丘上会議を見学することに。代表たちは進軍を続ける王国軍への対応を話し合うものの、身勝手な主張をぶつけ合い、話がまとまらない。その姿を見たジョウイは、都市同盟への不信感を募らせる。会議の後、リリュウらはミューズ副市？のジェスに呼び止められる。リリュウとジョウイはジェスから、王国兵に変装しての潜入調査を依頼される。心配するナナミを残し、二人は王国軍のキャンプに出向く。調査の途中、正体がばれたリリュウらは王国兵に追われてしまう。
必死の思いで砦を脱出するリリュウらは恐怖で言葉を失ったピリカを連れ、ビクトールらとの再会を約束した都市同盟最大の都市・ミューズを目指す。リリュウら一同は、途中でトトの村付近のほこらの前で野宿する。すると、ほこらの中からリリュウとジョウイを呼ぶ不思議な声が聞こえて光が放たれる。ほこらの中でリリュウらを待っていたのは、謎の石板と門の紋章の継承者レックナートだった。
リリュウ、ジョウイ、ナナミは傭兵砦に身を寄せる。そこへ訪ねて来た軍師のアップルは、狂皇子ルカ・ブライトが王国軍を引き連れ、砦へ向けて進軍を開始したことを告げる。リリュウらはルカに対抗する兵器を用意するため、ビクトールの依頼で神槍のツァイと呼ばれる人物に会いにリューベの村を訪れる。だが、侵攻を続けるルカはリューベ、さらにピリカの住むトトの村まで次々と焼き払っていく。トトに駆け付けピリカと再会したジョウイは、焼け野原と化した村を見て立ち尽くす。ジョウイはルカを止めるため、都市同盟軍と共に戦う。
ハイランド王国キャロの街の地方部隊、ユニコーン少年兵部隊に所属するリリュウと親友のジョウイは、ハイランド王国少年兵部隊の一員として遠征に出る。明日は幼なじみのナナミが待つ故郷キャロへ帰れるという最後の夜、二人は山中で敵の奇襲に遭う。兵に追い詰められたリリュウらは再会を約束し、夜の滝へと飛び込む。リリュウが気絶から目を覚ますと、そこは敵である都市同盟軍の傭兵砦の中。捕虜として砦で働くリリュウの中に、ハイランド軍への疑念が芽生える。そんなリリュウの元に、ジョウイが姿を現す。ジョウイも同じく、敵の領地に流れ着いていた。リリュウらは全ての答えを知るため、故郷キャロへ戻ると誓いを立て砦を脱出する。
