2023年、東京。東山総理(仲村トオル)は、世界環境会議で地球物理学の権威である世良教授(國村隼)の下、「COMS＜コムス＞」のさらなる推進を高らかに表明した。
さらに官房長官の長沼周也(杉本哲太)が、東山が“未来の日本”を見据えて各省庁の優秀な若手官僚たちを集めた“日本未来推進会議”を発足すると発表。そのメンバーに環境省の天海啓示(小栗旬)、経産省の常盤紘一(松山ケンイチ)も選ばれていた。
目的達成のために強引な手段もいとわない啓示は、自身の提案を通したいがために東山総理にすり寄り、同時に総理の抵抗勢力である政界のドン・里城副総理(石橋蓮司)をも懐柔しようとする。さらには、両者に顔が利く「生島自動車」会長兼経団連会長の生島誠(風間杜夫)を同期の常盤に紹介してもらい、近づいていく。
そんな折、ネットに関東沈没へ警鐘を鳴らす田所雄介(香川照之)の記事が載る。この記事が原因で、一部の団体がデモを起こし、啓示は事態収束のために田所と対面する。しかし、田所は啓示の話に一切耳を傾けず、「近い将来、伊豆沖で島が沈没する。その島の沈没は、私が恐れてきた関東沈没の前兆になる」という不気味な予言を放ち、啓示は翻弄(ほんろう)される。
そんな矢先、啓示は週刊誌・サンデー毎朝記者の椎名実梨(杏)に「Dプランズ」という環境ビジネスで稼ぐ企業と環境省のあらぬ癒着疑惑を突きつけられる。一抹の不安を抱えつつ、常盤と共に趣味のスキューバダイビングに出掛けた啓示は、そこで衝撃的な出来事に遭遇する。
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