依然として謎に包まれた「十億円強奪事件」と「碓氷薫(広末涼子)殺害事件」の接点。
才門(井浦新)は清春(賀来賢人)に、強奪された十億円は警察の極秘プロジェクト『ニッポンノワール』の資金だった。さらに薫は十億円事件を追う中で謎の組織ニッポンノワールの存在を突き止め殺害された可能性が高いとも告げる。
捜査一課長の南武(北村一輝)は、警察組織の中に『ニッポンノワール』の息がかかった人物が紛れ込んでいる可能性を示唆する。
規模も目的も謎に包まれた『ニッポンノワール』。薫はどこまで真相に迫っていたのか。そして真相に迫ったからこそ殺害されたのか…。