3年A組―今から皆さんは、人質です―のあらすじ
一颯（菅田将暉）が郡司（椎名桔平）を人質に取り、屋上に現れる。その姿はテレビなどで拡散され、一颯は「全国民の敵」と世間から批判される。さらに、一颯は世間に最後の要求を突き付けるが、警察に狙撃される。一方、さくら（永野芽郁）は「私が澪奈（上白石萌歌）を殺した」と周囲に告げる。
一颯（菅田将暉）と郡司（椎名桔平）の前に、突如謎のヒーロー“ガルムフェニックス”が登場。一颯の様子を固唾をのんで見守っていた生徒たちはあぜんとする。そして物語は時を変え、数年後の3月9日へ。一颯のクラスの生徒だった3年A組の面々は、それぞれの人生を歩み、再び教室を訪れる。
武智（田辺誠一）の悪事が明るみに出たことで、警察は武智に取り調べを行いSNSでは武智の話題で持ち切りとなる。一方で、生徒たちは一颯（菅田将暉）にし、武智の罪が明らかになったとして、人質から解放するよう訴える。しかし一颯は、まだ隠された真実があることを告げ、次なる課題を出す。
一颯（菅田将暉）は、澪奈（上白石萌歌）の“フェイク動画”を“ベルムズ”に依頼した犯人が、武智（田辺誠一）であると宣言。武智は、一颯の“でっち上げ”であるとし、無実を主張する。さらにSNSでは、澪奈が亡くなった日に男性と一緒に映っている動画が拡散され、男性について憶測が飛び交う。
“ベルムズ”の顧客リストが発見され、“ベルムズ”に澪奈（上白石萌歌）の“フェイク動画”を依頼した人物が魁皇高校の教師であることが判明。SNSでは、「誰が犯人なのか」という話題に注目が集まる。また、一颯（菅田将暉）は教師陣に、「依頼した人物が名乗り出なければ、教室を爆破する」と告げる。
一颯（菅田将暉）が倒れ、さくら（永野芽郁）が看病するが、その隙に生徒たちは美術準備室に乗り込む。仕掛けだらけの室内で悪戦苦闘する生徒たちの前に、一颯と内通する生徒が姿を現す。また、一颯が人質事件を起こした真の目的が明らかに。生徒たちが動揺する中、警察が校舎への突入を始める。
次々に生徒たちが犠牲になり、SNSではさまざまな憶測が飛び交う。そんな中、一颯（菅田将暉）は、海斗（鈴木仁）に“フェイク動画”を撮らせた生徒がいることを指摘し、生徒たちに真の黒幕を捜し出すよう指示。一方で、人質事件の捜査を外された郡司（椎名桔平）は、別の事件の取り調べを任される。
一颯（菅田将暉）は、郡司（椎名桔平）との交渉の末、五十嵐（大友康平）と直接話をすることに。そんな中、一颯から生徒たちに澪奈（上白石萌歌）を陥れた“ドーピング疑惑”に使用された、虚偽の動画を撮影した者を見つけるよう新たな課題が出される。そこで、郡司ら警察も加わり犯人捜しを始める。
3年A組の生徒たちを人質に取ってから一夜が経った頃、一颯（菅田将暉）は生徒たちに“第二の問題”を投げかける。澪奈（上白石萌歌）が自ら命を落とす直前、あるフェイク動画がSNS上に投稿されていた。一颯はその動画を投稿した者がこの中にいると断言し、「夜8時までに名乗り出なければ、この中の誰かが死ぬ」と言い渡す。
菅田将暉演じる美術教師・柊一颯が巻き起こす学園ミステリー。卒業式まで残り10日となった日、3年A組の担任・一颯が、さくら（永野芽郁）ら生徒29人を人質に取ると告げる。一颯は学校を爆破し、生徒たちが騒然となる中、数カ月前に自殺した生徒の死の真相について「最後の授業」を行うと宣告する。
