テレビにも出演するほどの売れっ子弁護士・有田賢太郎(大鶴義丹)が、自身の不倫騒動で好奇と非難の目にさらされる中、撲殺体となって見つかった。
奇妙なことに、遺体の周辺には破られた紙片が散乱。貼り合わすと、不穏な一文が浮かび上がる。それは「もーいちど ころす しょーしたい」という文言だった。
警察はすぐさま有田の家族や勤務先の法律事務所、そして愛人だった女優・遠山夏希(黒川智花)への聴取を開始。だが、有力な容疑者は特定できず、時は過ぎていった――。
この未解決事件の発生から5年。警視庁捜査一課「第3強行犯捜査 殺人犯捜査」第5係の刑事・岡部守(工藤阿須加)が、つい先日係長に昇進した桑部一郎(山内圭哉)の依頼を携え、未解決事件の文書捜査を担当する「文書解読係」こと「特命捜査対策室」第6係を訪問。ある新事件の文書を解読してほしい、と頼みに来る。
被害者は建築現場の日雇い労働者・幸坂達治(宮川一朗太)。現場から逃亡した男に火をつけられたと思われる幸坂は、指紋も取れないほど無残な焼死体で見つかった上、彼の部屋にはなんと「もーいちど ころす しょーしたい」と書かれた紙が落ちていた。
話を聞いて、5年前の事件との関連性を疑う矢代朋(波瑠)と鳴海理沙(鈴木京香)ら「文書解読係」の面々。すると、いつもは「文書解読係」を見下している「特命捜査対策室」室長・古賀清成(沢村一樹)が珍しく、直々に捜査を許可する。なぜなら、古賀と幸坂は高校の同級生だったからだ。
古賀の許しを得た朋は、大手を振って捜査を開始。幸坂殺害事件の発生時に「サイレントなんとか」という“謎の叫び声”が聴こえた、との情報を入手する。
一方、5年前の事件と共通する一文を見直した理沙は「しょーしたい」という表記が、どうも引っかかる。だが、有田と幸坂の接点は一向に見つからず、捜査は難航。
そんな中、幸坂の本棚を洗い直した朋は、意外な人物とのつながりを発見すると同時に、「文書解読係」の主任・草加慎司(遠藤憲一)は、部屋の“あるもの”が気になる。
まもなく、幸坂の従兄だという岸川登(石丸幹二)が、わざわざ静岡から遺体を引き取るため、警視庁へ。彼の話から、ニつの事件をつなぐ“驚愕(きょうがく)の事実”が明らかになる。
その頃、理沙は“新たな文字”に激しく反応。“とんでもないこと”を察してしまう。
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