義昭と共に上洛を果たした光秀と信長。晴れて将軍奉公衆に取り立てられた光秀が見たものは、旧態依然とした悪しき慣習がはびこる幕府の内幕であった。
新興勢力である信長を敵視する朝倉義景らの不穏な動きに、信長は正親町帝から勅命を受けることに成功、朝敵として越前攻めに乗り出す。朝倉をかくまった比叡山延暦寺の焼き討ちを目の当たりにし、幕府は信長を危険視。義昭と信長の溝は深まり、ついに信長に対して挙兵する義昭。しかし頼りにしていた武田信玄の死をきっかけにあえなく敗北し、京から追放されるのだった。
武士として最も高い官位を得た信長の横暴さは日ごとに増し、帝や朝廷、身内までもないがしろにする態度をとるようになっていた。
大坂本願寺や丹波など、先の見えない戦も依然として続き、疲弊する光秀。ついに家臣・松永久秀が信長に反旗を翻し、壮絶な最期を遂げる。正親町帝に謁見を果たした光秀は、「信長が誤った道に進まぬよう見届けよ」と命を受ける。
重臣・荒木村重までもが反乱を起こし、終わらない戦のすべての原因が将軍の不在にあると悟った光秀は、追放された義昭に会いに行く。一緒に京に帰ろうと促す光秀に、義昭は「そなた一人の京ならば考える」と告げる。
宿敵・武田氏を打ち滅ぼした祝いの席で、光秀は信長に激しく叱責を受ける。屈辱に打ち震える光秀に、信長はある究極の命令を下すのだった。
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