幼くして豊臣秀吉(滝藤賢一)に才能を認められ、秀吉の小姓となった石田三成(岡田准一)は、成長し大名に取り立てられると、猛将として名を馳せた牢人・島左近(平岳大)を石高の半分を差し出して家来に迎える。そして、伊賀の忍び・初芽(有村架純)も“犬”として三成に仕えることに。
秀吉の体調が悪化の一途をたどり、天下取りの野望を抱く徳川家康(役所広司)は、秀吉の不興を買う小早川秀秋(東出昌大)や、他の秀吉恩顧の武将たちを言葉巧みに取り込み、勢力を拡大していく。三成はそんな家康が気にくわない。
1598年8月、秀吉逝去。1599年閏3月、大老・前田利家(西岡德馬)も亡くなると、先の朝鮮出兵から三成に恨みを持つ福島正則(音尾琢真)、加藤清正(松角洋平)ら秀吉子飼いの七人党が三成の屋敷を襲撃した。三成は家康の屋敷に駆け込み難を逃れるが、このことで佐和山城に蟄居することになる。
1600年6月、家康が上杉討伐に向かう。上杉家家老・直江兼続(松山ケンイチ)と結託して家康の挟み撃ちを図っていた三成は、大谷刑部(大場泰正)らを引き込み、毛利輝元を総大将に立て挙兵。三成の西軍、家康の東軍が覇権をかけて動き始める。
1600年9月15日、決戦の地は関ヶ原。三成はいかにして家康との世紀の合戦を戦うのか？そして、命をかけて三成を守る初芽との、密やかな“愛”の行方は…。