3カ月前、直輝(横浜流星)は病院の廊下ですれ違ったレン(清野菜名)を見て「私を檻から出して！」と声が聞こえた気がした。レンに興味を持った直輝は、彼女のことを調べる。
直輝はレンに近付き、彼女を使って実験をしてみることに…。直輝がパンケーキにシロップをかけるうちに、レンの意識は遠いていく。目を覚ましたレンは、別人格になっていた。
「私は、誰？」「君の名前はミスパンダにしよう」「僕は君の飼育員。これから僕と一緒に、世の中のグレーゾーンにシロクロつけるんだ」――ミスパンダが誕生した。
レンと直輝は東京誠立大学のキャンパスで、学長の岸本(阿南健治)が浪人生の赤嶺にナイフで刺されるところを目撃。赤嶺は岸本を刺した後、レンに襲い掛かる。
大学側は記者会見を開き、副学長の池渕(モロ師岡)が岸本は意識不明の重体に陥っていると発表。神代(要潤)は、岸本が刺されたのは不正入学問題が原因ではないかと追及する。
岸本の息子で東京誠立大学の学生・俊一(中尾暢樹)の入試での成績がネットに流出。その点数が大学の合格基準に達しておらず、岸本が息子を不正に入学させたのではないかという疑惑が高まっていた。池渕は、不正入学を認める。
直輝はレンを助けるため、赤嶺のナイフを素手で受け止めて傷を負うことに。レンは、直輝のけがは自分のせいだと落ち込む。そんな中、直輝はMr.ノーコンプライアンス(佐藤二朗)から、東京誠立大学の不正入学問題を調べるようにと告げられる。
レンが囲碁喫茶“GOBAN”でのアルバイト中、コーヒーを入れようとして火を点けた時、過去の記憶がフラッシュバックする。「お姉ちゃんが…燃えて…」レンは、めまいを覚える。
レンの部屋には、幼い頃に撮った母の麻衣子(山口紗弥加)との写真があった。写真には、少女がもう1人写っていたが、黒く塗りつぶされている。「リコ、ごめんね…私だけが生きてて…」と涙するレン。
直輝は、父・哲也(田中圭)の復讐(ふくしゅう)を胸に生きている。父の哲也が死んだ5年前、直輝は子どもの頃に父からもらったパンダのぬいぐるみからUSBを見つけ出した。
USBの中には、コアラのマスクをかぶった男が少女に銃を突きつけて1憶円を要求する映像と、佐島が「娘を返してください！」と懇願する映像が入っていた。コアラ男に誘拐された少女は、直輝の恋人でもある、佐島あずさ(白石聖)だった。
東京誠立大学では不正入学問題を明らかにする第三者委員会が開かれ、元文科省事務次官の柳本(渡辺裕之)が参加。そこにミスパンダが現れる。自由奔放なミスパンダの振る舞いに、第三者委員会は混乱する。
不正入学疑惑で無実を証明したい俊一は、神代の取材を受ける。しかし神代は、俊一に不利になる編集でインタビューを放送。追い詰められた俊一は、病院で昏睡状態の岸本の首を締める。
池渕と柳本は、岸本が死んだという知らせを受けてほくそ笑む。俊一の入試の成績を捏造して不正入学疑惑を広めたのは、学長の座を狙う池渕と、池渕と組んで不正入学のパイプを作りたい柳本の策略だった。
池渕は記者会見を開き、不正入学が事実だったと発表。すべての罪を岸本にかぶせようとする。その時、ミスパンダの映像が流れ、ある合コンの模様が中継される。
そこには直輝と柳本の娘・美樹が参加していた。美樹は、自分の父が偉い人の娘や息子をどんな大学にも入れられる権力を持っていると自慢を始める。
すべての悪事が明らかになり、内輪もめを始める池渕と柳本。そんな2人の前に、ミスパンダが岸本と俊一を連れてくる。
岸本は、生きていた。俊一は父の首を締めようとしたところをミスパンダに止められ、彼女に協力したのだった。この一部始終は報道陣の知るところとなる。
春男(升毅)は門田(山崎樹範)に、レンが10年前の記憶に怯えていることを伝える。その原因として「何か別の力が加わっているのかも」と言う門田。
麻衣子の病室には、レンの部屋にあるのと同じ写真が飾られていた。「リコが死んでくれてよかった」とつぶやく麻衣子。見舞いに来たレンは、自分だけが母親にかわいがられ、姉のリコが檻の中に入れられている光景を思い出す。
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