娘を殺された父親・喜平(星田英利)が、小五郎(東山)らに仕事を依頼してくる。的は町の賭場を牛耳るヤクザもんの飛龍組。小五郎、涼次(松岡)、お菊(和久井)、陣八郎(遠藤)はいつも通り金と引き換えに仕事を請け負う。
だが、リュウ(知念)だけは、世の中の理不尽さと裏稼業に手を染めることへの葛藤をいまだ拭えずにいた…。
そのリュウが仕事をしくじる。的にとどめを刺す直前、突然現れた頼み人・喜平に顔を見られてしまったのだ。喜平はどこで手に入れたのか、持てるだけ抱え込んだ見慣れぬ武器で、「この恨み、この手で晴らすが本懐!」と的を自ら殺害。その直後、小五郎に斬り捨てられる。
顔を見られた頼み人を生かしておくことはできない。それが仕事人の掟だ。しかし、リュウは小五郎に反発。それきり姿を見せなくなってしまう。
同じ夜、遊郭街で焙烙玉を抱えた男が辺りを巻き込んで自爆する。駆け付けた小五郎が目にした光景は、数多の死人と怪我人が喘ぐ、まるで地獄絵図だった…。
後の調べで、自爆男は「我らの怒りを、恐れよ!」と叫んでいたことから、個人的恨みによる犯行ではないことが分かる。また、焙烙玉は珍しい代物であることも判明。小五郎は、喜平が持っていた数々の武器も焙烙玉も、出どころは同じではないかと考える。
その頃、リュウは壬生の幻楼(奥田)の屋敷で、若い娘・おりん(清原果耶)の介抱を受けていた。幻楼の手下・雀蓮(間宮)がリュウを運んできたのだが…、額に包帯を巻いたリュウは、全ての記憶を失っていた。
その後、江戸市中では無差別な自爆と、複数の武器を携え特定の相手への本懐を遂げた後、自害する騒動が多発。そんな中、恵まれない子供たちに無償で食べ物を与え、読み書きを教えていた「すずらん塾」の先生、すずらん(黒木瞳)と子供たちが、恐ろしい自爆事件に遭遇してしまう。
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