BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ
フナムシに勝利することができたボルトたちだが、勝利を喜ぶどころか、デンキとイワベエが捕らえられてから数日がたち、ボルトたちは皆、ふたりの無事を信じることができない。そんな中ボルトは、復讐に燃え、残虐な戦いをし、冷酷だと思っていたフナムシの意外な一面を知る。そしてフナムシを慕う者から再び復讐の目を向けられてしまうボルト。復讐がさらに復讐を呼ぶことで、どんな時も前に突き進んでいたボルトは戦う意味を見出せない。
フナムシの部隊との戦いで、損害を被ったボルトたち。村には子供たちもいる中、被害を顧みないフナムシの戦い方に今度こそケリをつけるとボルトたちは決意する。フナムシもまた、青煉を負傷させたボルトたちに復讐の念を煮えたぎらせる。一方、長男・イサリから養子のテンマが戦死したと告げられたアラウミは、戦いで重傷を負い生死の境をさまよっている長女・青煉に次ぐ悲劇に怒りを爆発させ、この先の戦いは自らが指揮をとると言い放つ。
苦しい戦いを強いられながらも、フナムシの部隊を撤退させることに成功したボルトたちだが、代償はあまりにも大きかった。一方、水の国付近の海では、水影・長十郎率いる霧隠れの里の忍者と、集結した海賊たちのにらみ合いが続く。これが作戦の一部であり、義兄のイサリに辛抱強く機会を待つように言われても遅々として進まない戦いに苛立つテンマは、恩義のある義父のアラウミの期待に答えるためにも一気に戦いを進めようとある行動に出る。
船体のトラブルで、ボルトたちやドトウ島の人々を乗せた船が海上で動かなくなってしまった。そこに船大工のカジキと弟子のイカダが通りかかり、ふたりが暮らす造船の島で修理をしてもらえることになった。島に着いたボルトたちは、修理の手伝いや里への状況報告など、できることをしながら船の修理が終わるのを待つ。水の国付近の海では、舟戸一族に従い続々と集結した海賊たちと水の国との衝突が避けられない状況となりつつあった。
救出したドトウ島の人々を安全な場所に送り届けるため調達した船の中で、殺人事件が発生。遺体の状態から巨峰が犯人として疑われるが、本人はまったく心当たりがないと言う。しかし犯人ではないという確証もない。それでも巨峰を信じたいかぐらは、巨峰の監視役にボルトとイワベエを残し、ほかのメンバーたちといくつかのチームに分かれ、別に犯人がいる可能性がないか手掛かりを探すことに。
水の国付近の海が海賊たちに占拠され、デンキたち第五班が任務中の“ドトウ島（じま）”とも連絡が取れなくなってしまう。島の人々の救出と第五班の援護のため、新生第七班はかぐら率いる隊とともにドトウ島へ向かうのだが、その隊のメンバーは、修学旅行中のボルトたちと戦いを繰り広げた3人だった。罪人である彼らと協力することになったボルトたちは、偵察隊としてサラダとミツキを島に上陸させ、残りで島付近の様子を探ることに。
カワキを加えた“新生第七班”が、“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務につくことになった。アカデミーの修学旅行の時に友だちになった“霧隠れ（きりがくれ）の里”の忍者・枸橘（からたち）かぐらと会うことが楽しみなボルト。かぐらは現在、刑務所で所長をしており、ボルトは任務の合間にかぐらに会いに行くことにする。 だが、華やかな式典の影で、水の国に恨みを持つとある一族が密かに動き始めていた。
デンキを隊長に第五班が、鉱山用の“自律型傀儡(くぐつ)”を水の国にある鉱山の島まで搬送し、試運転や動作データの解析をする任務を行うことになった。緊張しながらもチームメイトのイワベエやメタルと協力して任務に取りかかる隊長・デンキ。ところが体力のないデンキは力のいる作業などではあまり役に立たず、鉱山の関係者からは本当に忍者なのかと呆れられる始末。