BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ
ナルトとの戦いに勝つためにひきょうな方法を使い、カワキを“モノ”として扱うデルタにナルトの怒りが爆発。ナルトは、細胞を死滅させ、どんな“再生能力”でも阻止するデルタの“破壊光線”をも恐れることなく、巨大な“螺旋丸”で強引にかき消すと、さらに術を強力にして押し込んで行く。しかし科学忍具で改造されたデルタには、大きさに関係なくどんな術でも吸収する能力があり…。果たして、戦いの結末は!?
カワキを連れ戻そうと強引に里に侵入したデルタがボルトたちの前に現れた。ボルトやヒマワリ、カワキを守るため、デルタの前に立ちはだかるナルト。だがカワキが「バケモンぞろい」と恐れる「殻」の幹部の一人であるデルタは、科学忍具で改造された体を自在に使いナルトを攻撃。これに対しナルトも“九尾の力”を解放し戦う。互いに怪物じみた戦闘能力を持つ二人が、激しくぶつかり合う!!
楔（カーマ）をうまく使いこなすために、ボルトがカワキと実戦形式の訓練をすることになった。ナルトとヒマワリが見守る中、互いに楔を発動させたボルトとカワキが対峙（たいじ）する。一方、カワキの行方を追う果心居士と合流したデルタは、木ノ葉隠れの感知システムをなぜかあっさりすり抜けて里へと侵入した居士に、一人その場に置き去りにされ、仕方なく帰りを待つことに。ところがなかなか居士が戻らず、ついにはしびれを切らし…!?
「楔（カーマ）の研究になるかもしれない」とのナルトの提案で、ナルトとボルト父子の手合わせを見ることにしたカワキ。忍組手による手合わせで、ボルトは得意の“影分身の術”を駆使するなどして父に挑むが、力の差はまだまだ大きく苦戦する。これを見たカワキは、研究のためにもボルトに楔の力を使うように言う。その一方でカワキは、ナルトとボルトの父子がそろって得意とする影分身の術にも興味を持つようになり…？
割ってしまった花瓶の替わりに新しい物を用意することにしたカワキが、ナルトに連れられ街にやって来た。途中で出会ったサラダも加わり、一緒に、いのが経営する“山中花店”に向かう。ところがカワキはこれまでの生い立ちのせいか、話し掛けるサラダに対して不愛想でかたくなな態度を取ったり、街でぶつかってきた子供を反射的に攻撃してしまうなど、どこか普通の生活とはなじめないようで…。
ボルトとカワキのうずまき家での同居生活が始まった。初めての普通の生活に戸惑いながらも、うずまき一家の楽しげで温かな雰囲気にどこか安心した気持ちを抱くようになるカワキ。一方ボルトは、妹のヒマワリが母に贈った花瓶をカワキが割ってしまったことに怒りが収まらない様子で、二人は度々小競り合いを繰り広げることになる。そんなボルトにカワキは、楔（カーマ）を刻まれた者同士としてあることを提案する。
手のひらに「楔（カーマ）」と呼ばれる奇妙な印を持ち、「殻」から「器」と呼ばれる謎の少年・カワキ。その処遇について“五影”が話し合い、カワキの身柄は正式に、七代目火影・ナルト監視の下、木ノ葉隠れの里が預かることになった。 早速カワキを家に連れて帰るナルトだが、心を開かず、自分の名前も言わないカワキに困り顔。さらに、ひと悶着あったボルトとカワキが顔を合わせることになり、二人の間には険悪なムードが流れ…。
七代目火影・ナルトによって、カワキの身柄は木ノ葉隠れの里へと移された。意識を失って倒れたカワキだが、そんなカワキを幼い頃の“悪夢”が苦しめる――。幼い頃、父親からひどい暴力を受けながらも、必死で生きていたカワキのもとに、ある日、一人の人物が現れた。その人物こそ「殻」のリーダー・ジゲンだったが、この出会いによってカワキは、さらなる苦しみを味わうことになるのである。
大ケガを負ったまま先端技術研究所から逃げ出したカワキ。“竜胆”の研究所を出て繁華街へとたどり着いたカワキは、消耗した体力と空腹を補うため、なんとかして食べ物を手に入れようとしていた。そこに、カワキの行方を探していたスミレが”鵺”と共に現れる。スミレは傷付いたカワキの体を心配するが、カワキは相変わらず敵意を剥き出しにしたまま。そんなカワキにスミレは、自身の身の上について話し始める。
ボルトたちが、再び気を失ったカワキを連れ先端技術研究所へと戻って来た。手当てを受けることになったカワキを、研究所で働くスミレが親切に世話するが、カワキはそんなスミレにも敵意を見せ、ついには研究所からの脱走を企てる。一方、一足先に里に帰った木ノ葉丸から今回の任務の報告を受けた七代目火影・ナルトは、カワキと「殻」の関係が気になり、直接カワキから話を聞くため自ら先端技術研究所に赴くことを決める。
「器」と呼ばれる少年・カワキを連れ帰ろうとする「殻」のアウター・我婁とカワキの戦いが始まった。全身に科学忍具を装着した我婁と、さまざまな形状に変化する自らの腕を使いこなすカワキの戦いをぼうぜんと見つめるボルトたち。激しい戦いが続く中、すでに消耗していたカワキは徐々に押されてゆき、ついには捕らえられしまう。だがその時、カワキのからだに異変が!? そして、これに“共鳴”するかのようにボルトの身にも再び異変が起き…!?
ボルトの身に起きた異変に興味を持った居士が一旦撤退。なんとかその場をしのぎ切ったボルトたちが里に帰る途中、気を失って倒れている謎の少年・カワキを見つけた。その手のひらにボルトと同じような奇妙な“印”があるカワキの素性が気になるボルトたち。だが目覚めたカワキは敵意をむき出しにし、一触即発の状態に。慌てたボルトがとっさに自身の手のひらの“印”を見せ、これを見たカワキの言葉から、それが「楔（カーマ）」と呼ばれるものだと知ることになる。
青との戦いを終えたボルトたちの前に、「殻」のメンバー果心居士が現れた。“封印術”でボルトたちを拘束した居士は、任務遂行のために全員を葬り去ろうとするが、木ノ葉丸が術を解き1対1の戦いに突入。激闘の末、切り札の螺旋丸を繰り出す木ノ葉丸に対し、なぜか居士も螺旋丸を使って術を相殺。限られた者しか使えないはずの螺旋丸を使う相手に驚く中、居士の次の攻撃によって木ノ葉丸は絶体絶命の状況に追い込まれてしまう。この危機を目にし、ボルトの掌の“印”に、突然異変が起きる。
互いに決着を付けようとする第七班と青の戦いが始まった。第七班は連携し、よどみない攻撃を仕掛けるものの、もともとが手だれな上に科学忍具を巧みに使う青を倒すのは簡単なことではない。これに対抗するためボルトも科学忍具を利用。やっとのことで追い詰めたかに見えたが、青にはさらなる奥の手があった。“忍”であった己を捨て、“科学忍具”という新たな力に溺れる青に対し、あくまでも“忍者”として“己の力”で戦うことを選ぶボルトたち。果たして戦いの行方は!?
敵対することになった青の攻撃から逃れるため、捨て身の戦法に出たムギノのおかげでその場から撤退することができたボルトたち。だが、目の前で起こったさまざまな出来事にショックを隠し切れないでいた。そんなボルトたちにカタスケがさらに衝撃的な告白をする。一方、取り逃がしたボルトたちを探す青の前には、「殻」のメンバーの一人、果心居士が現れる。心の中を探るかのような居士の言葉に青は？
任務中に消息を絶った木ノ葉丸とムギノの捜索のため、第七班が、カタスケや”忍犬”の茶丸と共に通信が途絶えた場所へとやって来た。ボルトたちはそこで謎の傀儡たちに襲われることなる。高度な科学忍具と思われる傀儡を相手にカタスケも科学忍具で対抗。傀儡が再び動き出さないようにしたボルトたちは、茶丸の案内で木ノ葉丸とムギノの居場所を突き止めることができた。そんな一同の前に、かつて霧隠れの里の忍者であった青が現れる。
ボルトたち第七班が、護衛任務の対象者であるカタスケと共に、“先端技術研究所”にやって来た。ボルトたちはそこで懐かしい人物と出会うことになる。無事に任務を終え帰ろうとするボルト。ところが任務には続きがあり、ボルトたちは開発中の科学忍具のテストに協力することになる。はじめは不満顔だったボルトだがテストに協力するうちにその気持ちに変化が起き…？ そんな中、火影から、新たに緊急の任務が第七班に言い渡される。
中忍試験の後、現場復帰したカタスケが、火影に呼ばれてやって来る。その姿を見たボルトは、試験の時のことを思い出し、腹立たしい気持ちになるが、そんなボルトに第七班としてサラダやミツキと共に「カタスケの護衛と科学忍具の輸送をする」という任務が言い渡される。気に入らないながらも任務に就いたボルトは、目的地に向かう雷車の中で、カタスケの知り合いだという元忍者・青と出会う。一方その頃、謎の墜落事故現場を調査中の木ノ葉丸とムギノには危険が迫っていた。
「殻」の悲願達成に必要な “器”を移送中の飛行船が消息を絶ち、急きょ、「内陣（インナー）」と呼ばれる「殻」の中枢メンバーによる会合が開かれた。もくろみは外れさらに、移送責任者として追及されたヴィクタは弁明するも、リーダーのジゲンは一蹴。計画は変更となり、ついに「殻」が本格的に動き出す！ 一方その頃、木ノ葉隠れの里では、謎の墜落事故の調査を進める傍ら、“あるもの”を使った試験のため、観客の前で、七代目火影・ナルトとボルト父子による“忍組手”の対戦が始まろうとしていた。自らの成長を見てもらおうと本気で勝つつもりで父に挑むボルトだが…!?
木ノ葉丸が急な任務で里を離れることになり、それが終わるまでの間、第七班の任務は、ボルト、サラダ、ミツキの3人だけで行うことになった。そんな中、ひょんなことから街で偶然ムギノと出会ったボルトは、ムギノに誘われ、彼の自宅に行くことになる。あまりにもオンボロな上に、殺風景な部屋の様子にあきれるボルト。だがそんなボルトにムギノは、なぜ自分がこの部屋に住んでいるのかを話し始める。