新選組！のあらすじ一覧
流山で新政府軍に捕らえられた近藤（香取慎吾）は、本陣・板橋宿に移される。甲陽鎮撫隊について尋問を受けた近藤は、勝海舟（野田秀樹）の名前を出さず、自分の単独行動だと答える。それは幕府への恨みのすべてをひとりで引き受けようとする近藤の決意表明だった。近藤の意図を察した土方（山本耕史）は勝に助命嘆願をする。だが、勝は自分には何もできないと拒否。逆に土方に蝦夷地で戦うよう勧め、幕府の最後の誇りを託す。そんな中、近藤の刑罰が斬首に決定。処刑の日、妻のつね（田畑智子）らが見つめる中、近藤は処刑場に歩を進める。
江戸への総攻撃に備える西郷吉之助（宇梶剛士）ら新政府軍に対し、勝海舟（野田秀樹）は江戸城を無血開城することで降伏。勝は甲州勝沼で敗走した近藤（香取慎吾）ら甲陽鎮撫隊に江戸からの退去を求め、近藤は土方（山本耕史）らとともに容保のいる会津をめざす決意をする。一方、新選組を離脱していた永倉（山口智充）と左之助（山本太郎）も同志を集めて会津をめざしていた。そこへ死んだと思っていた永倉の親友で、おそのの夫だった市川（八十田勇一）が現われる。市川は芳賀と名を改め、旗本の養子となっていた。永倉は市川がつくった江戸侍の隊に誘われ、左之助は京都に残してきた妻子のもとへ帰る。そんな中、鎮撫隊は流山へと陣を移し、戦の調練を開始する。が、それが新政府軍の耳に入り大将の“大久保大和”が近藤勇ではないかとの疑惑が浮上。軍監の有馬（古田新太）が流山に視察に訪れる。戦力の整わない中、新政府軍に新選組と悟られたら敗北は必至。土方は近藤に大久保大和として嘘をつき通すよう進言する。
朝廷の命令に恭順の意を示した慶喜（今井朋彦）は、謹慎のため江戸城を去った。主戦派は近藤（香取慎吾）ら新選組に期待をかけるが、陸軍総裁の勝（野田秀樹）は新選組の名前も甲陽鎮撫隊と改めさせ、甲府城で薩長軍を迎え撃つよう、甲府への出陣を命じる。江戸の町を戦火にさらしたくない勝は、体よく新選組を追い払いたかったのだ。近藤も勝の命により大久保剛（たけし）、土方（山本耕史）は内藤隼人と名前を変え、鎮撫隊は甲府へと出発する。沖田（藤原竜也）は姉・みつ（沢口靖子）に病気で先が長くないことを伝え、部隊に同行。近藤は容保（筒井道隆）に会津での再会を約束し、妻・つね（田畑智子）らに見送られる。進軍途中、多摩に立ち寄った近藤らは、彦五郎（小日向文世）らに歓迎されて故郷に錦を飾る。その夜、土方は近藤にこれまで新選組は正しかったのかと迷いを打ち明ける。近藤は土方を励まし、沖田とともに死力を尽くして戦いに臨むことを誓う。だが、甲府に向かった近藤らは敵に先手を打たれ、苦戦を強いられる。
鳥羽伏見の戦いで幕府軍は錦の御旗を掲げた官軍に敗北。生き残った新選組の隊士は近藤（香取慎吾）が待つ大坂へと向かう。土方（山本耕史）は、斎藤（オダギリ ジョー）と山崎（桂吉弥）を連れて屯所に寄り、残していた機密文書を焼却。左之助（山本太郎）は身重のまさ（はしのえみ）にひと時の別れを告げにいくが、永倉（山口智充）の恋人・おその（小西美帆）は薩摩兵士に襲われ、絶命しようとしていた。そんな中、幕府軍の残党狩りをしていた官軍により、山崎が負傷。瀕死の山崎を連れ、隠れていた土方らは捨助（中村獅童）と寺田屋のお登勢（戸田恵子）の機転によって京から脱出し、大坂城に入る。土方らと合流した近藤は、慶喜（今井朋彦）に続いて戦力の立て直しをはかるため江戸に帰還。その船中、近藤は、軍艦奉行・榎本（草なぎ剛）と遭遇する。一方、江戸では朝敵となることを恐れた慶喜が勝海舟（野田秀樹）の進言を受け入れ、上野で謹慎することを決定。近藤らは、この事実に愕然となる。
御陵衛士の残党から命を狙われた近藤（香取慎吾）は、右肩にけがを負い、沖田（藤原竜也）、お孝（優香）とともに療養のため大坂城に赴く。一方、京都では岩倉（中村有志）、西郷（宇梶剛士）を中心に徳川打倒の準備が着々と進められていた。新選組も残った土方（山本耕史）、源三郎（小林隆）を中心に鳥羽伏見に布陣。ついに戦闘が開始される。しかし、銃や大砲で攻めてくる薩長に、新選組は太刀打ちできず退却せざるを得なかった。数日後、淀の千両松に布陣した新選組の前に菊の御紋のついた錦の御旗を掲げた、薩長軍が現われる。官軍として進軍する薩長に、逆賊になるのを恐れた幕府軍は、次々と逃げだす。新選組も退却を余儀なくされるが、逃げ遅れた周平（浅利陽介）をかばった源三郎が敵の銃弾を受ける。重傷を負った源三郎は永倉（山口智充）、原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らに見守られ、土方の腕の中で絶命する。そんな中、近藤は大坂城で慶喜（今井朋彦）に陣頭指揮に立つよう進言する。
薩長を中心とする倒幕派は王政復古の大号令によって徳川家から政治の権限を奪った。京都は完全に薩摩によって制圧され、松平容保（筒井道隆）の会津藩と、近藤（香取慎吾）の新選組は孤立。市中警護役も再編され、新選組は権限を失ってしまう。先の見えない状況に土方（山本耕史）は蓄えていた金を隊士全員に分け与え、身の回りの始末をつけるようにと命じる。一方、二条城で慶喜（今井朋彦）、容保から意見を聞かれた近藤は、幕府を朝敵にさせないために薩長との戦は避けるべきと進言。しかし、元見廻組の佐々木（伊原剛志）は即時開戦を主張する。慶喜はいったん大坂に退却し、西郷（宇梶剛士）の挑発を退ける。が、薩摩の大久保（保村大和）は目障りな新選組を始末すべく、近藤の暗殺を伊東の敵と狙う御陵衛士の残党にけしかけていた。そんな中、新選組は療養中の沖田（藤原竜也）とお孝（優香）を残し、幕臣・永井尚志（佐藤Ｂ作）の命で薩長との主戦場となることが予想される伏見へと進軍する。
岩倉（中村有志）の屋敷で尊王攘夷派の志士に混じって会合に参加した伊東（谷原章介）は、大久保（保村大和）から近藤（香取慎吾）の暗殺をもちかけられる。そうすれば元新選組の隊士という立場から脱却し、皆の信用を勝ち得ることができるという。伊東は悩み抜いたすえ、斎藤（オダギリ ジョー）に近藤の暗殺を命じる。が、斎藤は脱走し伊東の計画は新選組の知るところとなった。近藤は、伊東を討つといきまく土方（山本耕史）を抑え、伊東との話し合いに臨む。当初、伊東は近藤を隠し持った短刀で刺し殺すつもりだった。しかし、近藤に自分ひとりを斬ったところで薩長はよそ者を受け入れはしないと諭され、考えを改め和解する。だが、近藤が安堵したのもつかのま、伊東は屯所を出たところで先走った新選組の隊士に殺される。御陵衛士は伊東の敵と叫びながら新選組と激突。伊東のために殉じる決意をした平助（中村勘太郎）は御陵衛士として戦い、江戸以来の仲間である永倉（山口智充）や原田（山本太郎）に猛然と斬りかかる。
近藤（香取慎吾）たち新選組が、西本願寺から不動堂村へ屯所を移したのと同時期に、徳川慶喜は薩長を牽制する目的で朝廷に大政奉還を行なっていた。裏で糸を引いていたのが坂本（江口洋介）であることを知り、見廻組の佐々木（伊原剛志）は「坂本を斬らねば収まらぬ」といきまく。坂本にしてやられたかっこうの薩摩の西郷（宇梶剛士）や公卿の岩倉（中村有志）らも、彼の存在を疎ましく感じていた。一方、大石（根本慎太郎）から言いがかりをつけられた周平（浅利陽介）が剣術の試合で決着をつけることになった。沖田（藤原竜也）にけいこをつけてもらった周平は大石を打ち負かすが、試合の後、けいこのときの無理がたたって沖田は衆目の見る中喀血する。そんな中、幕臣の永井（佐藤B作）を訪ねた近藤は「薩長との戦を避けようとした坂本を守れ」と内密に命じられる。が、坂本の潜伏先を薩摩から密告された佐々木は、配下とともに近江屋へ。近藤は坂本の護衛に永倉（山口智充）と原田（山本太郎）を向かわせる。
新選組の働きが認められ隊士たちは幕府直参に取り立てられた。近藤（香取慎吾 ）と土方（山本耕史）は江戸以来の苦労が報われた心地がし、抱き合って喜ぶ。だが、新選組の内部では、古参の永倉（山口智充）や原田（山本太郎）を差し置いて、観柳斎（八嶋智人）の地位が上になったことに反発が強まる。無実ながら切腹させられた河合（大倉孝二）の一件で、観柳斎に責任があることを皆が知っていたからだ。そんな中、観柳斎に数名の隊士たちが新選組を抜けたいと相談を持ちかけてきた。観柳斎は御陵衛士をつくって新選組を離脱した伊東（谷原章介）に掛け合ってやると安請け合いするが、新選組との関係を悪くしたくない伊東は拒否。行き先をなくした4人の隊士は京都守護屋敷で切腹し果てる。この一件でさらに風当たりを強めた観柳斎は新選組をそのまま脱走。西郷（宇梶剛士）に薩摩の軍師として雇ってもらえないかと頼み込む。西郷はその見返りとして観柳斎に会津藩と新選組の軍事機密を提供しろと持ちかけてくる。
伊東（谷原章介）は隊からの独立を画策していた。それを勇（香取慎吾）らに察知されたと知った伊東は「長州の動きを探るため、一時離脱する」と建て前を。勇はそれをあえてうのみにし、離脱を認める。伊東に師事していた平助（中村勘太郎）は、勇への恩から離脱に戸惑う。
近藤（香取慎吾）の養子となった周平（浅利陽介）の実兄、谷三十郎（まいど豊）と万太郎（若松力）が新選組を脱走した。万太郎は逃げのびるが、三十郎は斎藤（オダギリ ジョー）に斬られて絶命。周平へのほかの隊士からの風当たりは強くなる。また伊東（谷原章介）も秘密裏に岩倉（中村有志）と接触し、隊士らの新選組離れは深刻な状況となる。一方、鹿児島の温泉では薩長の橋渡しをした坂本（江口洋介）がおりょう（麻生久美子）と骨休め。京都では捨助（中村獅童）が見廻組の佐々木（伊原剛志）に坂本、桂とは知己だというのを売りに取り入ろうとしていた。そんな中、新選組では原田（山本太郎）とおまさ（はしのえみ）の結婚を祝い、永倉（山口智充）の音頭で宴が開かれる。近藤、土方（山本耕史）も駆けつけるが、折しもその晩、隊士の浅野（中村俊太）が周平を道連れに隊から抜けようとしていた。偶然その場を見たお幸（優香）は、屯所へ知らせに走る。そのころ江戸では将軍家茂が逝去し、一橋慶喜(今井朋彦)が擁立されようとしていた。
薩長同盟が締結された直後より、幕府側に頻繁に命を狙われはじめる坂本（江口洋介）。捨助（中村獅童）の裏切りで、伏見奉行所の捕り方に急襲されるが、おりょう（麻生久美子）の機転で命からがら逃げ出す。一方、近藤（香取慎吾）は長州を説得するため広島へ出立。新選組を敵視する長州を刺激するだけ、と反対する土方（山本耕史）の心配をよそに近藤は御公儀のため命をかける覚悟をあらわにする。そんな中、武田（八嶋智人）が軍学書を買うため、勘定方の河合（大倉孝二）に公金から50両貸してほしいと持ちかける。河合が渋々貸した50両で軍学書を購入する武田。だが、同じ軍学書を手に入れようとしていて先を越された土方は、金の出どころを不審に思い、帳簿を調査。公金の不足を指摘する。河合は武田のことは黙ったまま、実家からの送金で10日以内に埋め合わせることを約束する。武田も一時は返金を考えるが決断できない。そして、送金のないまま約束の10日が過ぎ、土方も不本意ながら河合に切腹を言い渡す。
隊士の松原（甲本雅裕）はみずから斬った長州浪士の妻・お初（清水美那）の家に足繁く通う。未亡人にしてしまった責任からめんどうをみていたのだ。が、これを知った土方（山本耕史）は新選組の法度に背くと糾弾する。納得いかない松原は腹を斬ってみせ、けがを負う。近藤（香取慎吾）は会津藩の広沢（矢島健一）から薩摩と長州が手を組もうとしているとの情報を教えられる。広沢の提示した首謀者リストの中に坂本（江口洋介）の名を発見した近藤は悲しみに暮れる。そんなある日、松原がお初の家に招かれる。お初に抱き締められ喜ぶ松原。だが次の瞬間、松原はお初にかんざしで胸を刺され、絶命するのだった。駆けつけた土方は松原の体面を尊重し、この一件を心中事件として報告する。一方、坂本を追う新選組は、寺田屋のお登勢（戸田恵子）の機転と、捨助（中村獅童）の妨害に遭い行方を見失う。そのすきに薩摩藩邸に入った坂本は西郷（宇梶剛士）と桂（石黒賢）と個別に交渉し、ついに薩摩と長州の同盟を実現する。
沖田（藤原竜也）は、長州の浪士が密談中の料亭に踏み込み、長州の天狗と呼ばれていた捨助（中村獅童）に遭遇。だが、後から来た見廻組との手柄争いで捨助を取り逃がしてしまう。そんな中、見廻組の佐々木（伊原剛志）が近藤（香取慎吾）を訪ねてきた。これ以上、京の町で新選組と見廻組がかち合って敵を取り逃がすことのないよう、受け持ち区域を決めようというのだ。しかし、佐々木の提案は見廻組が御所や二条城といった要の場所ばかりで手柄をアピールする意図が見え見え。近藤は到底受け入れるわけにはいかない。折しも祇園で火事が起こり、新選組はただちに出動する。が、ここでも見廻組とかち合ってしまい、どちらが指揮を執るかでもめる。先に到着したのは新選組との主張で、佐々木は近藤に従う。一方、薩長同盟の実現に向け動く坂本（江口洋介）はお登勢（戸田恵子）の何気ないひと言で妙案を思いつく。坂本は西郷（宇梶剛士）に、薩長同盟締結の見返りに、薩摩の武器と長州の米を交換する「びじねす」を提案する。
大所帯になった新選組は、手狭 になった壬生村の八木家から西本願寺へ屯所を移すことになった。近藤（香取慎吾）も別宅を構え、お幸（優香）を正式に招き寄せる。そんな折、市中の見回りに出かけた武田（八嶋智人）、斎藤（オダギリ ジョー）、松原（甲本雅裕）は、うどん屋の主人に変装していた桂（石黒賢）を発見。護衛の捨助（中村獅童）、仙波（宅間孝行）が盾となり桂は逃亡する。松原の刀に倒れた仙波は、妻のお初（清水美那）に金を渡してくれるよう頼んで息絶える。一方、八木家では沖田（藤原竜也）に思いを寄せているひで（吹石一恵）を心配し、雅（松金よね子）が土方（山本耕史）に2人の仲を終わらせてくれるよう頼む。土方はひでに沖田の病気を明かし、残された時間を剣士として歩ませたいと説得。沖田との別れを決心するひでだったが、あふれる悲しみを隠すことができない。そんなひでを沖田は抱き締める。そんな中、幕府を見限り近藤と決別をした坂本（江口洋介）は、中岡慎太郎（増沢望）と密会。薩長同盟の締結に向けて始動する。
近藤（香取慎吾）は深雪太夫（優香）の身請けを決意し、寺田屋の女将・お登勢（戸田恵子）の助けを借りて京都へ呼び寄せる手はずを整える。また、永倉（山口智充）も親友の婚約者だった芸者の小常（小西美帆）を、大坂から近くへ来させることにする。そんな折、江戸で隊士募集を終えた藤堂（中村勘太郎）が、近藤や沖田（藤原竜也）を驚かせてやろうと、つね（田畑智子）とみつ（沢口靖子）を連れて帰ってきた。が、ちょうど近藤は深雪太夫を迎えに出かけたあと。八木家へのあいさつを済ませたつねとみつは近藤のいる寺田屋へ行くと言いだし、慌てた沖田と土方（山本耕史）は、先回りしに走る。一方、寺田屋では坂本（江口洋介）と桂（石黒賢）が密談中。坂本は長州と薩摩が手を組めば幕府に対抗できると説得するが、桂はこの案を一笑に付する。つねとみつは、近藤とお幸がいっしょにいるところを見つけ、突然の出来事に声を失う。だが、つねは近藤を責めず、深雪太夫と2人で話をさせてほしいと申し出る。
山南（堺雅人）が身請けした明里（鈴木砂羽）を連れて新選組を脱走した。沖田（藤原竜也）は近藤（香取慎吾）から命じられて馬で追う。出発前に沖田は近藤から、草津まで行って見つからなかった場合は、深追いするなと言われていた。しかし、大津で沖田を見つけた山南は、みずから声をかけ、新選組に戻ってくる。帰還した山南に、近藤は断腸の思いで切腹を言い渡す。これに永倉（山口智充）と原田（山本太郎）は強硬に反対。八木家の当主・源之丞（伊東四朗）からも助命を求める声が上がる。だが、土方（山本耕史）は、これらを頑として受け入れない。そんな中、道中で別れたはずの明里が屯所にやってくる。山南に故郷へ帰るよう言われたものの、道に迷ったのだという。「いっしょに来て」とすがる明里を山南はなだめ、山崎（桂吉弥）に郷里へ送らせる。山南に明るく別れを告げる明里。しかし、明里は山南が切腹することをわかっていた。そしてその夜、近藤たちが見守る中、沖田の介錯のもと、山南の切腹が行なわれる。
江戸から戻った近藤（香取慎吾）は、留守の間、土方（山本耕史）が隊士を切腹させたことに腹を立てる。しかし、土方は新選組の結束を固めるには法度で縛るしかないとの信念を崩さず、山南（堺雅人）らとの対立を深める。一方、新しく入隊した伊東甲子太郎（谷原章介）は参謀役に就任。だが、土方は伊東が気に入らず、芹沢を暗殺した部屋に住まわせる。その伊東は江戸から数名の新しい隊士を連れてきていたが、実は新選組を利用して尊皇攘夷を実現しようと考えていた。そんな中、土方は新選組が大所帯となったのを機会に、屯所の移転を提案。西本願寺を新たな地に推薦する。山南は由緒ある寺院に武力を持ち込むことに反対するが、伊東がこれを論破。もはや新選組に居場所がないと感じた山南は土方に休暇を願い出る。だが、頭の切れる伊東に対抗するため山南を手もとに置きたい土方はこれを却下。山南は永倉（山口智充）と原田（山本太郎）にだけ胸の内を明かすと、遊郭から明里（鈴木砂羽）を身請けし、新選組を脱走する。
近藤（香取慎吾）は容保（筒井道隆）の依頼で、長州征伐と将軍の上洛を建白するために江戸へ行くこととなった。藤堂（中村勘太郎）、永倉（山口智充）らを供に試衛館へ帰った近藤を、周斎（田中邦衛）、ふで（野際陽子）、つね（田畑智子）らが迎える。一方、新選組の活躍を知る幕府ではあったが、将軍の上洛には莫大な金銭がかかるため、近藤の願いは聞き入れられなかった。国の大事より保身に汲々としている幕府役人と旗本に失望する近藤。だが、西洋医学の権威・松本良順（田中哲司）から「世界との交わりを絶っては日本の将来はない」と言われ、一念発起。改めて攘夷のあり方を見つめ直す。一方、京では山南（堺雅人）が、新選組の勢力拡大を急ぎすぎる土方（山本耕史）への不信感を募らせていた。坂本（江口洋介）と会った山南は、坂本の自由な考え方に魅せられ、変わり果てた新選組と、ふがいない自分に嫌悪感を抱く。同じころ土方は永倉の反乱の決着をつけるため、近藤批判の建白書を書いた葛山（平畠啓史）に切腹を言い渡していた。
池田屋事件での働きにより、新選組は多額の恩賞金を得た。いずれは直参に取り立てるとの会津藩の話に近藤（香取慎吾）は感激する。土方（山本耕史）は恩賞金の分配について、池田屋での働きに応じて分けると宣言。屯所を守っていた山南（堺雅人）らには与えられないことに。これに永倉（山口智充）はひそかに不満を抱く。土方はさらに組織の改革に着手。近藤をトップに据え、副長の土方の下に一〜十番隊を置く新組織を発表する。だが、永倉はこの体制は近藤と土方に権力が集中し、しかも山南が相談役に退けられていると反発。新選組の飛躍を焦る土方は、芹沢鴨暗殺により新選組は変わったのだと激怒する。芹沢の死は長州藩によるものと聞かされていた永倉は、思わぬ形で芹沢暗殺の真相を知り、島田（照英）を連れ新選組を飛び出す。事態を重く見た山南は、新選組を抜ける前に容保（筒井道隆）に直訴し、近藤を諭してもらうよう説得。永倉は原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らを集め、容保宛てに連名で建白書を提出する。
