新選組！のあらすじ
流山で新政府軍に捕らえられた近藤（香取慎吾）は、本陣・板橋宿に移される。甲陽鎮撫隊について尋問を受けた近藤は、勝海舟（野田秀樹）の名前を出さず、自分の単独行動だと答える。それは幕府への恨みのすべてをひとりで引き受けようとする近藤の決意表明だった。近藤の意図を察した土方（山本耕史）は勝に助命嘆願をする。だが、勝は自分には何もできないと拒否。逆に土方に蝦夷地で戦うよう勧め、幕府の最後の誇りを託す。そんな中、近藤の刑罰が斬首に決定。処刑の日、妻のつね（田畑智子）らが見つめる中、近藤は処刑場に歩を進める。
江戸への総攻撃に備える西郷吉之助（宇梶剛士）ら新政府軍に対し、勝海舟（野田秀樹）は江戸城を無血開城することで降伏。勝は甲州勝沼で敗走した近藤（香取慎吾）ら甲陽鎮撫隊に江戸からの退去を求め、近藤は土方（山本耕史）らとともに容保のいる会津をめざす決意をする。一方、新選組を離脱していた永倉（山口智充）と左之助（山本太郎）も同志を集めて会津をめざしていた。そこへ死んだと思っていた永倉の親友で、おそのの夫だった市川（八十田勇一）が現われる。市川は芳賀と名を改め、旗本の養子となっていた。永倉は市川がつくった江戸侍の隊に誘われ、左之助は京都に残してきた妻子のもとへ帰る。そんな中、鎮撫隊は流山へと陣を移し、戦の調練を開始する。が、それが新政府軍の耳に入り大将の“大久保大和”が近藤勇ではないかとの疑惑が浮上。軍監の有馬（古田新太）が流山に視察に訪れる。戦力の整わない中、新政府軍に新選組と悟られたら敗北は必至。土方は近藤に大久保大和として嘘をつき通すよう進言する。
朝廷の命令に恭順の意を示した慶喜（今井朋彦）は、謹慎のため江戸城を去った。主戦派は近藤（香取慎吾）ら新選組に期待をかけるが、陸軍総裁の勝（野田秀樹）は新選組の名前も甲陽鎮撫隊と改めさせ、甲府城で薩長軍を迎え撃つよう、甲府への出陣を命じる。江戸の町を戦火にさらしたくない勝は、体よく新選組を追い払いたかったのだ。近藤も勝の命により大久保剛（たけし）、土方（山本耕史）は内藤隼人と名前を変え、鎮撫隊は甲府へと出発する。沖田（藤原竜也）は姉・みつ（沢口靖子）に病気で先が長くないことを伝え、部隊に同行。近藤は容保（筒井道隆）に会津での再会を約束し、妻・つね（田畑智子）らに見送られる。進軍途中、多摩に立ち寄った近藤らは、彦五郎（小日向文世）らに歓迎されて故郷に錦を飾る。その夜、土方は近藤にこれまで新選組は正しかったのかと迷いを打ち明ける。近藤は土方を励まし、沖田とともに死力を尽くして戦いに臨むことを誓う。だが、甲府に向かった近藤らは敵に先手を打たれ、苦戦を強いられる。
鳥羽伏見の戦いで幕府軍は錦の御旗を掲げた官軍に敗北。生き残った新選組の隊士は近藤（香取慎吾）が待つ大坂へと向かう。土方（山本耕史）は、斎藤（オダギリ ジョー）と山崎（桂吉弥）を連れて屯所に寄り、残していた機密文書を焼却。左之助（山本太郎）は身重のまさ（はしのえみ）にひと時の別れを告げにいくが、永倉（山口智充）の恋人・おその（小西美帆）は薩摩兵士に襲われ、絶命しようとしていた。そんな中、幕府軍の残党狩りをしていた官軍により、山崎が負傷。瀕死の山崎を連れ、隠れていた土方らは捨助（中村獅童）と寺田屋のお登勢（戸田恵子）の機転によって京から脱出し、大坂城に入る。土方らと合流した近藤は、慶喜（今井朋彦）に続いて戦力の立て直しをはかるため江戸に帰還。その船中、近藤は、軍艦奉行・榎本（草なぎ剛）と遭遇する。一方、江戸では朝敵となることを恐れた慶喜が勝海舟（野田秀樹）の進言を受け入れ、上野で謹慎することを決定。近藤らは、この事実に愕然となる。
御陵衛士の残党から命を狙われた近藤（香取慎吾）は、右肩にけがを負い、沖田（藤原竜也）、お孝（優香）とともに療養のため大坂城に赴く。一方、京都では岩倉（中村有志）、西郷（宇梶剛士）を中心に徳川打倒の準備が着々と進められていた。新選組も残った土方（山本耕史）、源三郎（小林隆）を中心に鳥羽伏見に布陣。ついに戦闘が開始される。しかし、銃や大砲で攻めてくる薩長に、新選組は太刀打ちできず退却せざるを得なかった。数日後、淀の千両松に布陣した新選組の前に菊の御紋のついた錦の御旗を掲げた、薩長軍が現われる。官軍として進軍する薩長に、逆賊になるのを恐れた幕府軍は、次々と逃げだす。新選組も退却を余儀なくされるが、逃げ遅れた周平（浅利陽介）をかばった源三郎が敵の銃弾を受ける。重傷を負った源三郎は永倉（山口智充）、原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らに見守られ、土方の腕の中で絶命する。そんな中、近藤は大坂城で慶喜（今井朋彦）に陣頭指揮に立つよう進言する。
